弘治十三年（1500年），王阳明观政期满，被授予刑部云南清吏司主事。六部在明朝成为最高一级行政机关，每部设尚书一人，左、右侍郎各一人。每部之下都设有清吏司机构，在清吏司中有郎中、员外郎、主事的职位，分管该部的具体事务。

在六部之中，户部和刑部需要管理的事务繁多，与地方上的直接沟通也比较多，所以其下都辖有十三个清吏司，与地方上的十三布政司或十三行省相对应。吏部、礼部、兵部、工部都设有四个清吏司，在机构设置上很难与户部和刑部相比。十三个刑部清吏司特别兼管南北直隶的事务，也就是北京和南京的事务。

国家的施政方针是否得当，百姓是否过得安定，都可以从刑狱的状况看出。周文王姬昌治理西岐，竟然达到了“夜不闭户，路不拾遗”的程度。在西岐之地，百姓竟然不知道监牢为何物，可见教化万民并非需要牢狱才能完成。自商鞅提倡重法以维护统治之后，历代君王对于刑律的运用无不殚精竭虑。刑法过重会出现像秦国那样早亡的危险，刑法过于宽松就会出现汉景帝时期那样的“七国之乱”。在量刑上，君主都在寻找百姓可以接受的一个平衡点，但总是不能了解民间疾苦而量刑过重。

明朝严密的厂卫制度，在维护君王权威的同时，也制造了不少冤假错案。对于刑部的管理，随着君主的懈怠，逐渐出现了混乱。朱元璋最重视吏治的清廉，对贪官污吏从来不手软，在刑罚上未免过重。但是对于刑部的管理，朱元璋则是最为用心，也最重视人性。朝廷一般对刑部大牢中的囚犯都会配给一定的食物，让他们在牢狱中仍存着一丝自尊。

到了明朝中期，国家制度的种种弊端已经凸显出来。王阳明初出茅庐，急于建功立业，树立威名。就像当年曹操一样，初为洛阳北部尉就敢于杖毙大宦官张让的叔叔，以此来达到扬名的目的。在刑部大牢，王阳明很快发现了需要自己施展才能的地方。

刑部设有提牢厅，有数名狱吏专门负责管理刑部大牢中的囚犯。身为刑部各司主事每个月要提牢一次，查看囚犯的情况和狱吏的管理情况，对刑部大牢的管理进行监督。刑部大牢中的囚犯都是来自全国各地的重犯，或被定为死罪，或判秋后问斩，或为上诉申辩者。对于刑部提牢的事情，一般各司的主事都是走走过场，从来没有亲自走进监牢，认真查看。刑部大牢的狱吏们也没有想到王阳明这个刑部云南清吏司主事会亲自来大牢，仔细地查验囚犯的生活状况。这里的暗流一直涌动，长时间不被监督就有些明目张胆，没想到被王阳明逮了个正着。

王阳明在查看刑部大牢时，发现很多囚犯吃的饭都是用发霉的米糠做的。狱吏解释说狱中缺粮，可偏偏王阳明又发现狱吏私养的猪却吃着细粮。王阳明一下就明白了：狱吏是故意虐待这些囚犯，将本该给囚犯吃的细粮换成了发霉的米糠。狱吏用这些私吞的细粮来喂猪，然后将喂大的猪或卖了分钱，或屠杀分肉。

在狱吏的心中，刑部大牢的囚犯都是要问斩的，让他们吃得饱饱地死和饿着死都是一样的，所以狱吏们就做出了猪狗不如的虐囚事情。王阳明深知大明律法，朝廷明确规定，即便是囚徒也有朝廷派发的米粮和布被，不让他们挨饿受冻。这些狱吏居然贪得无厌到剥夺囚犯的吃食来满足自己的私欲。这“猪吃人”的事件让王阳明很震惊，很快就告知了刑部的堂官。

刑部堂官对刑部大牢中的虐囚事情早就知道，只是碍于世俗，选择睁一只眼闭一只眼。遇到王阳明这个初生牛犊，刑部堂官也没有拦着，任其自行处理。这刑部大牢中的事情很可能牵连到刑部中的很多官员，堂官不便过问，就是不愿意得罪同僚。既然王阳明愿意做这样得罪人的事情，堂官也就做个顺水人情。

王阳明再次来到刑部大牢，命人将狱吏养的猪杀掉分给囚犯吃。对于那些狱吏，王阳明没有进行重罚，而是进行了申斥。王阳明只是想通过这件事情给某些官员敲一下警钟，如果严厉惩罚狱吏，必然会得罪很多同僚。在王阳明冲动的背后，也有其心细的地方。对这件事情应把握的程度，王阳明还是心知肚明的。

在以往的提牢过程中，很多提牢的刑部清吏司主事都是走走过场，从来都没有进到监牢中查看。而在一年之中，十三个刑部清吏司主事都有机会去提牢，到底这一天是谁去过，刑部大牢并没有记录。这就是刑部大牢管理的漏洞，也为各个清吏司主事推卸责任埋下了隐患。

为了杜绝刑部大牢管理的疏漏，王阳明心生一计，他命狱吏拿来笔墨，在墙壁上写下了自己的名字和提牢的时间。办一件事情一旦署名，就要对这件事情负责到底，可以避免个别人推卸责任。经过王阳明的据理力争，这个制度终于得到了刑部主管官员的认可。从此以后，凡有提牢主事当值，都要在墙壁上写下自己的名字和提牢的时间。如果狱中出现事故，提牢的主事就有不可推卸的责任。

这种提牢规制既可以增强提牢主事认真查验的意识，又可以警示狱吏按规章办事，有利于完善刑部大牢的管理。王阳明这种雷厉风行的作为被刑部的官员传为美谈，为王阳明树立了清廉刚直的名声。到了晚年，王阳明对自己当初的行为也有所反思，认为有些操之过急或有越俎代庖之嫌。

在刑部，王阳明毕竟只是个主事，没有多大的权力，当时唐突地将自己的处理结果告知上司，很可能让上司丢面子。如果上司恼羞成怒，自己的官职可能不保，还会连累到那些囚徒。幸好刑部的主管官员通情达理，给予了王阳明大力支持，才玉成此事。可见经过官场的历练，王阳明已经不再崇尚刚直，而是希望以委婉柔和的手段，达到两全其美的结果。

经过一年的历练，弘治十四年（1501年），王阳明奉命到江北录囚。刑部各司的主事们每年都要与都察院的巡按监察御史到所管的布政司或代管的部门清理案件、平反冤狱，是为录囚。江北包括南直隶（南京）在江北的扬州、庐州（今安徽合肥）等府和滁州等州，这些地方都归云南司兼管，所以录囚也是由云南司派人协管。

江北积累下来的案件不少，很多棘手的案件都难倒了随行的官员。王阳明梳理了各类案例，找出了其中最受争议、最难审理的案件进行审理。只要这个最难办的案子能攻破，其他的案件就能迎刃而解。在战争中，往往选择避实击虚，那是为了保存实力，不断蚕食对手。在刑事案件的审理上，就得从最难的入手，一可以用这样的案件向有关官员和百姓进行宣示，以此来表明自己的诚意和决心；二可以趁着办理这个大案，将其余的案子顺利攻破。

经过调查，王阳明决定审理陈指挥杀人案。姓陈的指挥因为脾气暴躁、生性好斗，曾经伤人致死，下狱时已经杀害了18人。死者家属年年告状，却始终没有告下来，究其原因有两点：陈指挥一家三代服役，父亲战死杀场，儿子也被杀，他这样的人生经历和家庭背景博得了社会的同情，众人都认为他是伤痛过度才会这样；陈指挥杀人后，知道难逃国法，就极力贿赂有司官员，寻找了保护伞。

陈指挥在监狱中关押了十多年，还没有被问斩，成为每次录囚的重点。王阳明知道百姓的积怨已深，如果不能还百姓一个公道，那朝廷在百姓心中的形象将大打折扣。虽然有一同录囚的巡按御史为陈指挥找托词，虽然有陈指挥的家属苦苦哀求、请求宽恕，但都没有阻止王阳明下斩立决的决定。身正不怕影子斜，王阳明严格按照律法行事，又合乎纲常伦理，有司官员都不便阻挠。一旦这件事情闹到了京城，获罪的将是这些包庇陈指挥的官员。

陈指挥对王阳明恨之入骨，在临刑前破口大骂，对王阳明进行诅咒。王阳明并没有像很多人那样感觉到惊惧，反而一腔正气地说：“为了死去的18条人命，定要杀掉陈指挥，如果陈指挥死后来索命，那就来吧。”陈指挥被斩之后，江北官场震惊，百姓则称颂这位不怕天、不怕地的刑部清吏司主事。有了陈指挥这个案子作为前车之鉴，江北诸官员都对王阳明望而生畏，不敢阻拦他的任何行动。在短时间内，江北的很多案件就不攻自破了。

王阳明敢于这样雷厉风行地处理江北的录囚，还能如此顺利，究其原因有两个。

第一，初出茅庐，拥有搏击长空之志。王阳明在官场上的历练还很少，可谓愤青一个。在官场关系错综复杂的明代，如果是熟悉官场常规或者暗流的官吏，一定不会去触碰那些纠结的案子。随大溜、明哲保身是官场老手的作风。一旦阴霾长存下去，必然会对官场产生很大的消极影响。有时候就要派出一个愣头青，让他胆大妄为地做出一些惊天动地的事情，来搅动死气沉沉的官场。

很明显，刑部的官吏之所以派出王阳明到江北录囚，就是因为看中了王阳明的一腔正气。他对官场的很多弊病看不惯，总想去改革。如果让他在一个合适的地方，定然能做出一番成就。果然在江北录囚，王阳明力排众议，以强硬的手腕处理了陈指挥的杀人事件。一时间，江北多年来积压的案子在王阳明那里迎刃而解。

第二，朝中有人，父亲无形中的相助。一个年轻的才俊再有才能，如果没有后台的支持，也不能在地方上有所成就。就像清朝的李卫，有了雍正皇帝的支持，他才能大刀阔斧地进行治理或改革。如果没有后台支持，他的很多行动都会被掣肘，甚至一不小心丢掉了性命。王阳明自视甚高，总想靠自己，可在无形中父亲王华帮了他很多忙。

王阳明在江北录囚的时候，他的父亲王华在南京主持应天府的乡试，第二年就升为了翰林院学士。弘治十六年（1503年），王华又升为詹事府少詹事兼翰林院学士，紧跟着就升为礼部右侍郎。弘治十七年（1504年），王华由礼部右侍郎升为礼部左侍郎，并兼经筵讲官。以王华的才学和行政能力完全有机会入内阁，只是因有刘健、谢迁、李东阳三人的影响，才未能进入。

虽然父亲在朝中官运亨通，王阳明也应注意自己的行为。在东汉末期的时候，曹操为了扬名天下，做出了很多得罪权贵的事情，特别是在济南国相的任上。在任期满了之后，曹操思前想后选择了辞官归乡。在那个时候，曹操的父亲也是官运亨通，甚至做到了太尉。但是曹操考虑到自己的莽撞行为可能会祸害到家族，才以退为进。王阳明这时还没有想到自己的行为可能牵连到家族的前途，所以才会肆无忌惮地做下去。

在武宗元年（1506年），王阳明据理力争为戴铣求情，得罪了刘瑾，不仅自己被杖刑，遭到贬谪，还连累了父亲。他没有曹操那样的先见之明，吃到了苦果，才有所顿悟。