复习Day4内容，二次学习Day5内容
R-project管理多个R工作目录
- 设置工作目录：
setwd() - 查看工作目录：
getwd() - 并行多个项目，多个工作目录
显示文件列表
dir()
list.files()
加减乘除
直接输入后回车
赋值
<-
alt+-
x
[1] 2
[1]意思是结果的第一个
赋值后，x会显示在右上角的框，Environment里的Value列表里
删除变量
a<-3
b <- 1
c <- 4
u <- 5+6
rm(b)
rm(u,c)
rm(list = ls())#清空所有变量
列出历史命令
history()
相当于鼠标单击右上角的history标签
显示历史命令后，选择一个，双击，会做console运行，可以修改该命令
清空控制台
ctrl+l
Day5数据结构
- 向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
- 表格在R语言中改名叫数据框
- 函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下
- 数据类型
向量（vector）👈重要
矩阵（Matrix）
数组（Array）
数据框（Data frame）👈重要
List
vector,data frame
向量
标量与向量
- 元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等
- 标量：一个元素组成的变量
- 向量：多个元素组成的变量
一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。
c(1,2,3) - 变量x可以赋值一个元素的标量，可以是一个数字，也可以是另一个元素 x<-1， x<-a
- 变量x可以赋值一个多个元素有序排列的向量，比如赋值一行或者一列的数据
x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次 - x赋值会被覆盖
从向量中提取值
根据元素位置
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
- x[4]
-
[]里面可以是数字，标是第几个元素，也可以是-数字，标是除第x以外的元素，也可以是1:3, 第一个到第三个元素，也可以是-（1：3），也可以是c(1:3), 提取向量中的向量元素
图片5-2.png
根据元素的值提取
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
x[c(1,5)] 与 x[x %in% c(1,2,5)]的区别展示，第一个是位置，第二个是值
数据框
- 新建数据文档在工作目录下
- X<-read.csv('test.txt')
- test是文件名
- .txt是该文档后缀
读取本地数据
read.table(file="test.txt",sep="\t",header=T)
直接读取这个数据框
Note: 后面的两个命令没理解什么意思
a<-read.table(file="test.txt",sep="\t",header=T)
给变量a赋值这个数据框
设置行名和列名
- colnames(X)
- rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
注意区分大小写 -
colnames(X)[1]<-"bioplanet"
修改第一列第一个为bioplanet，行名
图片5-4.png
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名
没有理解
数据框的导出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)
分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）
变量的保存与重新加载
save.image(file="bioinfoplanet.RData")
save(X,file="test.RData")
load("test.RData")
提取元素
- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）
X是变量名，比如X赋值了一个数据框table，[]中的x是第几行的意思，这里的x跟变量X意义不同
1,2 1行2列
1, 第1行
,1 第1列
1 第1列
1:2 第1列到第2列
c(1,3) 第1列和第3列 #c必须小写！！！
行？？？
X$列名，必须是列名，不能是第一列的数字，上面的1，2，3都是第几行第几列的数字，跟行名列名无关
使用数据框
options(stringsAsFactors = T)
a <-data.frame(case=paste0("S",1:9),values=runif(9))
plot(avalues)
没有看懂
保存脚本
回答
save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？
- 可能原因
X没有被赋值数据框或者向量，所以无法保存变量X
或者前面赋值的时候变量用的是符号x小写，那这里用大写X也会找不到 - 解决方法
1，先看前面的变量是否是X，是否大写
2，变量符号没有问题的话，查看是不是赋值了，还是赋值后被删掉了？
