虽然黄巾起义被镇压，但此后天下盗贼并起，黄巾起义的余波还在继续。例如有张牛角、张飞燕的黑山起义，北宫伯玉寇三辅、黄巾军郭大在河西白波谷起义，大者两三万，小者六七千。
镇压黄巾起义的功臣皇甫嵩不但没有得到提拔和封赏，反而因为得罪了宦官张让，收左车骑将军印绶，削户六千。当时皇甫嵩讨伐张角，中常侍张让向他要好处费五千万，他没给，因此得罪了张让。张让向灵帝上奏说皇甫嵩连战无功，花钱又多。他就这样被宦官陷害了。
汉灵帝非但没有吸取教训，励精图治，反而在张让、赵忠等宦官积极撺掇下敛财卖官，大修宫殿，搞起了个人享受。
公元185年六月，张让等十二个宦官在论功大会上被封为列候，这是何等讽刺。
在这样的社会风气下，敢说真话的忠良之臣，被宦官整得非徒即死。当时谏议大夫刘陶直言说，如今天下大乱，盗贼四起，主要原因就是宦官专权。话音刚落就被宦官们诬陷成与贼私通，关进了黄门北寺狱，激愤自尽。
宦官与名士之间的厮杀又开始了。前太傅陈蕃的儿子陈逸和术士襄楷在冀州刺史王芬府上做客，襄楷说：“近来我夜观天象，发现宦官要被灭族。”陈逸大喜。王芬说：“如果这是真的，那么我愿意打头阵。”他们三人与各地豪杰秘密准备，打算以黑山贼起义攻打郡县为借口，起兵诛杀宦官。恰好遇到了汉灵帝到河间巡视旧宅，他们三人密谋以兵劫持皇帝，诛杀宦官，另立合肥侯为新君。王芬把机密告诉了曹操。曹操说：“另立新君，这是天下最危险的事儿。古人都要考虑好轻重利害才能实施，历史上也就伊尹、霍光做到了而已。况且他们身居高位，手握重兵，所以才能成功。眼下诸君们偏听术士的一面之词，没做好万全的准备，贸然举事，岂不是危险。”曹操果然是一个成熟的政治家，一眼就看中了事情的症结。可惜胆大才疏的王芬没有听进曹操的建议，最终兵败自杀而亡。但是这件事情表明，士大夫对宦官的痛恨和厌恶已经达到了极点。
后来外戚和宦官进行厮杀的时候，士大夫集体站在了外戚这边，宦官诛杀了外戚大将军何进后，士大夫们的情绪彻底爆发了，他们不择手段的将地方手握重兵的董卓等人调入了京城洛阳，造成了董卓之乱。董卓之乱，实际上引发了皇权的彻底衰落，皇帝已经变成了有名无实的傀儡，天下被各地的州牧和武将瓜分，彻底拉开了三国历史的大幕。
要说分裂割据的源头，当然是黄巾军起义，但从制度来看，要从公元188年讲起。这一年有人提议地方的长官从刺史变为州牧，全权统领地方行政、财政、军事所有大权于一身。
这个建议就是太常刘焉提出来的，他说：“当下盗贼四起，刺史权力过轻，不能镇压盗贼，而且任人不当，容易导致叛乱。应该设置牧伯，选拔名士担任这个职位。”刘焉本想求交趾牧，侍中董扶私下里对刘焉说；“京师将乱，益州上空有王霸之气。”刘焉改求益州牧。恰巧益州刺史郤俭屡次增加赋税，百姓苦不堪言，怨气很大，又遇到了凉州刺史耿鄙、并州刺史张懿被盗贼所杀的事儿。朝廷听从了刘焉的建议，选列卿、尚书为州牧，以中央官员的身份管理地方，保留其品级。刘焉为益州牧，黄琬为豫州牧，刘虞为幽州牧。州牧的权力过大，就此开始。此后州牧逐步做大做强，中央政府越来越弱，是东汉末年分裂割据局面出现的原因。
