如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列，且和该基因组序列比对效率较高，那么可以采用有参转录组的分析策略，直接进行分析。反之，则需要按照无参转录组的分析策略进行转录本组装，构建unigene库，然后进行后续分析。
部分有参考基因组的物种，由于注释信息不够完善，或需要分析一些非编码RNA，这时需要基于Reads与基因组比对信息对转录组进行组装，以期获得新的转录本来让分析结果更加完备。
这也是有参物种做转录组最常用的分析模式，其分析步骤如下：
Reads与基因组比对
基于比对信息组装转录本
基因或转录本表达定量
-
差异分析和功能富集分析
有参转录组分析软件
而对于没有参考基因组的物种，或者基因组组装不好的物种，必须先使用测序数据组装一套转录本，再基于转录本进行后续分析。其分析步骤如下：
Reads De novo组装转录本序列
Reads 回比组装好的转录本序列
转录本表达定量
-
差异表达分析和功能分析
无参转录组分析软件
参考链接：
