单细胞基因可视化之小提琴图

完成单细胞定群后,就可以做很多东西了,首先可视化marker基因,这是很多单细胞文章中不可或缺的一部分,当然,marker基因的可视化可以拓展到对任意自己感兴趣基因的可视化。

小提琴图是其中的一种。Seurat自带函数VlnPlot可以进行基因可视化,其实在前面QC结果的战事中已经使用过一次了。

VlnPlot(scedata, 
        features = c("RAMP2","VWF","PECAM1","LUM"),
        pt.size = 0,
        ncol = 2) 
image

通过添加split.by参数,VlnPlot可以显示基因在各个样本中的表达情况。

VlnPlot(scedata, 
        features = c("RAMP2","VWF","PECAM1","LUM"),
        pt.size = 0,
        ncol = 2,
        split.by = "orig.ident")
image

但是,VlnPlot有一个问题就是,只能展示单个图,不能批量展示基因的表达。不能实现很多文章中出现堆叠的效果。这就需要额外的修饰改造达到这种效果。这里我们提供两种方法可以近似获得堆叠小提琴图效果(图A,B),但细节问题还需进一步修饰。

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