最近给小朋友上课，讲完原理，就要搞实践。原理比较简单，来来去去是几个指标，但是选个合适的软件给小朋友实践，这个过程比较痛苦，差点受不了自己写一个....顺手评测了一下目前市面上常用的几款软件，大多数软件整体出来结果相近。其中比较奇怪的只有一个，qtlseqR。这款软件没有给出亲本变异信息输入接口，换句话说，你不输入亲本，也可以算。当然可以算，其他软件都可以算。只是当参考基因组和两个亲本的关系相对较远，或者一些关键区域分别跟不同亲本有SNP，那么会影响计算。简单来说，不输入亲本，可能会出现 SNPindex 等指标计算方向不明。
其他两三款软件：
- pyBSAseq，准备数据还挺麻烦
- qtlseq，这块软件使用简单
- qtlseqR，使用也简单，就是不能输入亲本信息，或使用另外两款更为合适。
无论如何，三款软件都是处理纯系亲本的，对于多数园艺作物，应该都用不了，要用其他指标，如 ED 。但实施上，SNP 的calling 和 filtering，或许有不少人已经整错了。
相关的在网络上也翻了一些教程，目前没遇到一个觉得合适的。
