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Cytoscape已成为网络图绘制的核心工具，基因表达调控网络、蛋白互作网络、miRNA-gene调节关系、分析流程、组织架构等任何与网络、结构、层级有关系的事情都可以用Cytoscape来绘制。前期的教程中有Cytoscape的基本使用，早期录制的Cytoscape视频教程, 含安装和基本使用等。
从上次录制视频，到现在Cytoscape也有了不少更新，个人对Cytoscape的体会也有了进步，更主要的是不少人反应之前的视频不够清晰，或实名或匿名 (匿名的都没回复)的联系我要清晰版。实际我也没有，不知道为啥传上去就不清晰了，这次录制了全屏版，希望效果能好些。
本次三个视频，截图不同的角度。
基本操作
利用一个简单的组织构建图展示Cytoscape的基本使用，导入网络、导入节点属性，更改点的形状、颜色，在点上插入图片、绘制饼图、柱状图、加入颜色条纹，点的手动对齐、横向分布等。
网络文件和节点属性文件都是正常矩阵格式，若有中文需使用UTF-8编码；若非EXCEL文件，不能有xls后缀。
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miRNA-mRNA调控网络
Cytoscape可用于绘制基因共表达网络，这儿选取miRNA-gene调控网络 (含miRNA-gene表达相关性数据)做为例子，涉及到根据表达变化倍数对每个点进行着色、根据表达相关性对线进行着色、miRNA和靶基因采用不同的形状表示、微调获得合适的展示图形、结果导出PDF格式、导出图例等。
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不同的布局的调试和修改
网络绘制根据网络图的大小、展示的用意可以选择合适的布局。Cytoscape提供了多种布局算法，具体见http://manual.cytoscape.org/en/stable/Navigation_and_Layout.html。
下面列出几种示例
Attribute Circle Layout
属性环展示方式所有的节点都在环上，适用于点比较少的时候。环上点的顺序可以根据某一列来调整。
Group Attributes Layout
先按某一列的值对点进行分组，每个分组的点成为一个独立的环。在区分上下调基因时，可以按这个来分类，看不同类的基因的调控关系。
[图片上传失败...(image-9a7815-1524747079960)]
Prefuse Force Directed Layout
通常也可以获得比较好的结果，相连的点邻接，其它点较远。同时可以根据某一列设置边的强度作为连线的长度。
Compound Spring Embedder Layout
复杂网络适用这个，尤其是连线特别多时。
Edge-weighted Spring-Embedded Layout
所有的边视为连接2个节点的弹簧。每一个弹簧有一个松弛状态下的期望长度 (resting length)和压缩强度。算法会迭代所有的弹簧，并进行仿真模拟获得每个弹簧的最佳长度。是比较常用的一种，其获得结果也是一个环，但对空间的利用比下面两种要好。
[图片上传失败...(image-b6a1c5-1524747079960)]
yFiles Organic Layout
也是一种Spring-embeded的算法，可以展示网络图的聚类结构。
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参考
- Cytoscape的基本使用
- 早期录制的Cytoscape视频教程, 含安装和基本使用
- http://blog.genesino.com/2012/04/cytoscape-basic-usage/
- http://manual.cytoscape.org/en/stable/Navigation_and_Layout.html
- https://www.slideshare.net/keiono/introduction-to-biological-network-analysis-and-visualization-with-cytoscape-part1
- 新出炉的Cytoscape视频教程
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