明朝灭亡后，作为明朝残部的南明建立弘光、隆武和永历等政权。弘光在南京称帝一年，南京陷落，弘光皇帝死去。在郑芝龙和黄道周等人的簇拥下，朱聿键在福州称帝，史称隆武帝。1646年，隆武皇帝政权实际主宰郑芝龙投降，隆武帝被俘，死于福州。

关于郑芝龙，他曾是中国东南沿海的霸主。他建立的郑氏集团是一支能与西洋势力竞争的海洋力量，如果隆武帝能反清复明，那在郑芝龙这种具有国际眼光和能力的人，中国的发展就不可能以闭关锁国为方针。

郑芝龙选择投降后，其儿郑成功拒绝投降，继续与清朝抗争。为对付郑成功，顺治十三年(1656年）和顺治十八年(1661年）清廷分别采取禁海和迁界的策略。此策略让其军队得不到充足生活必需品，于是郑成功把目光放到台湾。在1662年，郑成功收复台湾。但在同年6月，正当要施展拳脚的时候，郑成功突然去世，其子郑经继承父业。但在1683年，郑氏集团被催毁。

郑芝龙是一名天主教徒。说到天主教，不得说说明清的传教士。如上篇所说，明朝一些官员通过传教士学习了很多西方科学和知识。传教士在明末时为明廷制造大炮，但明朝还是灭亡了。有的传教士在改朝换代的时候依旧选择明朝，拒绝归顺清廷。但也有传教士归顺清廷，如曾服务明廷的传教士汤若望选择归顺清廷。他也深受顺治皇帝的喜爱，被授予钦天监监正之职。

到了康熙执政，他对传教士的喜爱更在顺治帝之上。顺治帝只对天文学和天主教感兴趣，而康熙对西洋的知识都很感兴趣。除了亲征攻打准额尔部的那段时间外，他都在和传教士学习，可见他对西洋知识的喜欢。他是清朝最有国际视野的皇帝，他不光向传教士学习，也会对他们委以重任，比如制造火炮，《尼布楚条约》谈判，绘制中国地图等。而传教士不光把西洋知识用在天文和军事上，也用在生活中，为康熙帝和清廷解决一个个难题。

1644年至1716年，这是清朝的黄金时代，也是清朝最开放的时候，但这种开放更多是由皇帝拥有。