汤姆·索亚是美国圣彼得斯堡小镇上一个海气的机灵鬼。他父母早逝，随姨妈生活，而姨妈却管不住他。他不是那种听话本分的乖宝宝，他是镇上的孩子头儿，带他们玩“打仗”，搞恶作剧，喜欢马戏，会拿大顶，好幻想，想当兵或当牛仔，他在小伙伴眼中无所不能。
汤姆有几个朋友：乔奇、班恩、吉姆，但最和他“臭味相投”的是镇上那个脏兮兮的流浪儿哈克。哈克的父亲是个酒鬼，从不管他，他就成了个无依无靠、游手好闲的“野孩子”。在镇民眼中，他是个无赖，而孩子们都觉得他是个有趣的伙伴。汤姆把当海盗的想法告诉了哈克。哈克说海盗都是些胆大的人，他们约定半夜到墓地去试试胆量。
汤姆假睡骗过姨妈，同哈克一同来到墓地。阴风吹拂下，他们日睹了一场凶杀：乔埃杀死了一个医生，又嫁祸给醉鬼彼得。两个孩子都害怕凶悍的乔埃，相互发誓决不开口。
胆量得到了检验，汤姆和乔奇带着从家中“偷”来的食物，叫上哈克米到密西西比河边，找到一个小木筏，划到下游的杰克逊岛。这里荒无人烟，成了三个“小海盗”的快乐大本营。晴朗的夜，明完的星，灌木林丛，篝火野餐；没有了大人的训斥、牧师的教诲、法官的威严、老师的惩罚，有的是沙滩、草地、树林、鸟儿、松鼠、蝴蝶……他们无忧无虑、无拘无束，这里简直是一片乐土。
镇上的人们找了他们好几天，急坏了，渐渐地绝望了。星期日，镇民们在教堂为他们三人开追悼会。当人们悲痛难仰之际，牧师发现三个调皮鬼若无其事地走进教堂，来到亲人的面前。
镇上要开庭审理彼得杀人案了，汤姆和哈克出庭为彼得作证，混在旁听席中的乔埃大惊，落荒而逃。汤姆和哈克成了小镇的英雄。
汤姆的冒险心一刻也没有消失过，他知道传说中海盗都会把金银财宝埋藏在干枯的老歪脖树下，他和哈克要去寻宝。有一天，他们来到鬼屋翻寻时，真的遇上了鬼——乔埃和一个陌生人来到这里，准备把抢来的金币藏起来。两个强盗商量着要把这金币一同藏到“二号十字架下面”，这些话被藏在楼上的汤姆和哈克听得一清二楚。
汤姆的同桌贝琪是镇上大法官撒切尔先生的女儿。她央求父母约请同学们到山上野营，孩子们乘轮渡来到镇外的山上。
大家来到有趣的魔克托尔山洞。鱼贯而入的孩子们对这阴森神秘的山洞心生好奇又有点儿紧张，就连爱冒险的汤姆也是第一次来。洞内岔路横生，如同迷宫一样。孩子们在洞中玩着，闹着，陆续从不同方向汇集到了山洞出口。
但汤姆和贝琪却在洞中迷路了。一心想当探险家的汤姆带着贝琪在洞中东窜西走，总也走不出去。贝琪害怕了。但勇气和智慧让汤姆没有丧失信心，他安慰贝琪，耐心地寻找山洞的出口。
在洞中，汤姆意外遇到乔埃。乔埃已是惊弓之鸟，听到汤姆的动静，撒腿就跑。汤姆带着贝琪终于找到了出口，与亲人们会合了。虚惊一场的两个孩子在休息了五六天后，汤姆到大法官家看望贝琪。撒切尔先生告诉他：为了防止再有人迷路，魔克托尔山洞的出口被封死了。汤姆说洞中还有逃犯乔埃呢！
镇上的人们再次拥向魔克托尔山洞，发现乔埃已在洞内倒毙多日了。
汤姆带哈克再次来到洞中寻宝，终于在一个刻有十字记号的大岩石下，挖出了乔埃埋藏的那些金币。
汤姆和哈克划着小船回镇上去了，他的历险对镇上的人们产生了巨大的震动。
