1. 背景介绍
19年Science上的一个组合相关性图(下图所示)变得流行起来,其中的绘图部分和ggplot2包也有千丝万缕的联系,用来展示环境因子和物种的关系特别好用。唯一的缺点可能就是使用时需要熟练掌握R软件和包的安装了。
打开凌波微课云平台,搜索:相关性组合图
2. 操作方法
2.1上传数据
需要上传的文件包括环境因子文件和物种矩阵文件,两个文件的第一行分别为环境因子和物种信息,每一格为样本与对应环境因子值和物种丰度信息,点击下方眼睛图标可以查看示例文件。示例文件如下
2.2 绘图以及参数调整
上传完文件,点击“提交”,我们在右侧的历史任务中就可查看到任务编号、任务结束时间以及任务运行状态。
2.3 结果展示并调整
任务运行结束后会出现“已完成”,查看任务有两种方式。第一种,点击界面右侧的历史任务模块,第二种方式是通过点击界面左侧菜单栏中“我的任务”,这两种方式都可以查看任务编号、软件名称和状态等信息。点击任务编号,就可以进入到任务详情页面,展示的是任务参数、结果文件列表和绘图调整3个区域,提供结果文件下载和在线调整图片功能。
3. 结果文件
结果文件仅包括相关性组合图,可以预览pdf格式的图片,点击下载按键获得结果文件包。
结果图片说明:
a图展示的是mantel检验组合图,图上圆形面积大小代表了相关性大小,如果是椭圆的话,除了面积与相关性有关以外,椭圆的方向分别表示了正相关和负相关,在右侧分别展示了mantel相关性系数、P值等统计学检验值,相关性连线连接的是特定分组;
b图展示的是非对称相关系数矩阵,图中的数值代表相关性系数,数值后的星号代表显著性。
4. 在线调整图片
可以通过在线调整图片区域使用数据布局参数、颜色参数和字体参数三个模块在线调整图片。
数据布局参数:调整显示上三角或下三角、调整图形的形状(形状有圆形、椭圆和方形可选,面积代表相关性大小,椭圆的方向表示正相关和负相关,调整后b图的展示也会一同变化)、调整相关性算法、b图的纵横比(一般不建议调整)、设置分组范围(例如物种列名为属名,可以设置按物种的纲水平进行分类,最好把同一纲的物种放在相连的列中)、还可以设置图片尺寸及清晰度
颜色参数:设置连线颜色、自定义相关性系数的颜色和填充色,并设置颜色渐变的数量。
字体参数:调整数字大小、连线线条粗细等,同时自定义分类、图例标题和ab图的标题,这里的标题设置不能为中文