实验报告解析及方法论—微生物多样性(扩增子/16S rDNA测序)

1.实验报告的主体框架内容

a)封面信息 

b)项目实施信息

c)元基因组DNA提取过程及结果

d)PCR扩增过程及结果

e)样品是否成功的判定标准

a)封面信息

主要包含:客、服双方的主要联系人相关信息,样品对接人,实验操作  组及实验主要负责人信息,报告生成时间、项目名称及唯一  标识号等方面内容。

主要目的:用于追溯实验流程过程,客、服双方在实验方面内容的沟通及对接。

b)项目实施信息

主要包含:样品的详细情况(客户方提供的每例样品的名称、服务方提供的每例样品在服务方内部查询及流转的唯一名称、样品类型等方面内容),以及每例样品在实验后是否有剩余的统计情况。

主要目的:让客户方了解每一个样本的基本情况;与服务方内部的对应关系,便于查询;实验操作后,样品的剩余情况或其他需要备注的特殊情况。

c)元基因组DNA提取过程及结果

主要包含:提取过程的核心步骤概括;参考文献或试剂盒使用说明书;DNA质量检测的方法;结果展示与汇总(DNA完整性的检测电泳图,浓  度及纯度的测定结果,获取核酸溶液的总体积等必要信息)。

主要目的:使得客户方了解提取的环节和细节;实验过程的最终情况及质控情况。

d)PCR扩增过程及结果

主要包含:扩增16s rDNA的哪些区域,引物名称及引物序列;每例样品的稀释情况汇总(DNA溶液的消耗、稀释终浓度等);PCR扩增最终反应体积及扩增条件;扩增结果检测电泳图及结果汇总等。

主要目的:了解扩增过程实验详情、质控情况;样品实验成功及失败的情况,便于调整下一步实验计划和安排。

e)样品是否成功的判定标准

主要包含:对结果等级判别进行标准化并给予确切描述。

主要目的:解释和说明结果成功或失败的原因。

2. 实验结果内容的体现及判定

实验结果内容体现:在报告中,此部分往往是通过汇总表格进行体现。表格体现比较清晰且有条理。因此,报告中表格部分,往往是每例样  品的具体信息,若关注样品的具体情况,需要留意报告中的每一份表格内容。

结果的判定:结果的判定依据往往在报告最末处给出的评判标准(可能以表格形式进行给出评判标准,也可能文字形式进行陈述),包含直接判定  或等级(等第)划分等情况。

3. 实验方法的获取与撰写

报告中往往包含量实验的流程,核心步骤和基本方法。如何进行获取和撰写?

a. 毕业论文中实验方法的获取与撰写:

毕业论文中往往要求撰写明确的方法及步骤,抽提环节可以略过报告中的简要步骤的描述,直接根据参考文献或者使用的操作说明书进行具体方法的获取,在毕业论文中直接进行撰写使用;PCR扩增环节,根据报告提供的PCR扩增引物、试剂(试剂货号)等信息可以获得试剂生产商提供的使用说明书,根据说明书、报告中给出的体系和反应条件,完成毕业论文中该部分的撰写工作;报告中提供的胶图,统计的数据可以直接使用。

b. 科技论文中实验方法的获取与撰写

1)根据报告中提供的参考文献进行参考性撰写,或者利用操作说明书和报告中写明的主要步骤进行汇总撰写。

例如:TheXX sample was suspended in XX μl ofsterile lysis buffer in 2 ml screw-cap tube containing Xgglass beads. This mixture was vortexed vigorously then incubate at XX ℃ for XXh. After incubation by bead beating for XX min at maximum speed. ……【汇总自:试剂盒操作说明书】

DNA was extracted byfollowing the manufacturer’s instructions for bacterial DNA extraction usingXXX Kit (Production information, Nation).【直接告知使用哪种试剂盒进行操作】

The primers F1 and R2were used to amplify the VX1~VX2 region of each sample by PCR. PCR reactionswere run in a PCR system using the following program: X min of denaturation atX ℃ followed by  XX cycles of Xminat X ℃ (denaturation), X min for annealing at X ℃, and X min at X℃(elongation), with a final extension at X℃ for X min.

2)直接引用报告中提供的参考文献

例如:DNA was extracted using amethod described by XX[reference].

4. 整体实验细节的整理与明确

获取实验报告后,可以获知哪些具体信息:

a) 寄送的原始样本在实验后是否有剩余:在项目实施的汇总表中会针对每例样本进行分别统计汇总。  

b) 实验时获得了多少DNA溶液:提取完成后会汇总提取信息包含浓度、OD值、提取终体积等,此时终体积的统计即为每例样本最终的获得的量。

c) 实验过程中消耗了多少DNA溶液:Nanodrop定量消耗1-2μL;电泳检测一般消耗2μL;PCR扩增稀释一般使用2-5μL,以上是实验过程的主要消耗量,具体每个环节消耗多少根据具体报告中展示为准。

d) DNA溶液是否有剩余:提取获得的终体积减去实验中的消耗,若大于零,就一定有剩余

e) PCR过程为什么要稀释DNA:DNA提取后浓度参差不齐,稀释到同一浓度进行扩增,增加样本之间的可比性,增加了比较分析时的可信度。

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