Linux环境下的软件安装

第一部分:下载安装miniconda

cd ~/biosoft   # 首先进入昨天创建的biosoft目录
wget 官网下载链接  # 下载miniconda

bash Miniconda3-Latest-Linux-x86_64.sh(下载的安装包名) # 安装软件

source ~/.bashrc # 激活conda

# 删除现有的镜像
rm ~/.condarc
# 切换镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

第二部分：使用conda

以fastqc软件为例

## 01_查看服务器安装的软件
conda list

## 02_搜索conda软件
conda search fastqc

## 03_安装软件
conda install fasted -y 

##04_卸载软件
conda remove fastqc -y

第三部分：conda环境

多重环境可以使用不同版本的软件，类似于分身

## 01_查看当前conda环境
conda info --envs # 前面带*的是默认环境

## 02_创建新环境
此时要进行一个转录组
# 创建了一个rna-seq的环境并且安装了fastqc trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 

## 03_激活新的conda环境
conda activate rna-seq
# 此时已经激活，可以输入fastqc查看帮助文档

## 04_退出当前环境
conda deactivate