1.DNA甲基化概念
胞嘧啶cytosine，在SAM（腺苷甲硫氨酸）和DNMTs催化下，变成5mc；脱甲基化需要在TETs催化下变成5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)，后可以被氧化成5-甲酰基胞嘧啶(5fC)和5-羧基胞嘧啶(5caC)。
DNMT1维持甲基化，DNMT3A，DNMT3B在生长发育，即最初修饰时发挥作用，DNMT3L。
TET1,TET2,TET3去甲基化，在IDH1/2突变后，2HG增加而抑制其活性。
Reader: 含有MBD,即甲基化结合结构域的蛋白，一般会介导基因沉默。
可能一些代谢的相关基因亦会影响DNA甲基化。
2.DNA甲基化检测的基本原理：
1）限制性内切酶：特异性识别甲基化碱基位点的酶，如MspI, HpaII, NotI, SmaI, and BstUI
2）亲和沉淀：特异性抗体，如用特定的MBD蛋白或5hmC特异性抗体，类似于CHIP-SEQ
3）重亚硫酸氢盐反应：C变U后变T，5mC仍为C；
4）区分5hmC和5mC：先把5hmC氧化后，在进行检测；主要通过工具酶和化学修饰对5hmC保护或添加修饰，随后Bisulfite转化将带修饰的5hmC与C、mC区分，通过识别测序中的C和T达到5hmC检测的目的。
5）质谱：碱基作为一种化学分子，修饰不同，质量不同；
3.DNA甲基化数据分析：不同实验方法形成的数据类型不同，分析流程会有所不同
The three main steps of computational analysis of DNA methylation data are as follow: (1) data processing and quality control;(2) data visualization and statistical analysis; (3) validation and interpretation.
1）DNA甲基化芯片：Illumina 450K DNA甲基化芯片，850K芯片，Agilent 的甲基化芯片，Roche-NimbleGen甲基化芯片等。最常用的前面两种，包含两种类型探针（I型探针和II型探针）。
2）DNA测序后的碱基序列数据，如WGBS全基因组重亚硫酸氢盐甲基化测序，简化甲基化测序，单细胞WGBS等。拿到的数据是碱基序列，需要比对参考基因组进而明确具体甲基化位置，因此这里的参考基因组与比对方法是DNA甲基化特有的。
TCGA里主要用的是DNA甲基化芯片测序，分析流程生信星球的文章，值得参考学习：
