Conda的安装（每次看到Conda就想到Honda）

什么是Conda

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。（说人话，开源的应用商店）

Conda的安装步骤（引用生信星球）

#打开xshell--
cd biosoft #之前已经建立的目录
uname -a （查看版本）
wget （后接下载网址）#https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #选yes或者enter，最后出现thanks what what说明安装成功
source ~/.bashrc #激活；而且每次有新环境的建立都需要激活！ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes #添加镜像，speed up下载速度

使用Conda

conda list #查看都有哪些东西可以下载
conda install fastqc -y #表示安装fastqc，后面全部回答yes
fastqc --help #检查是否安装成功
conda remove fastqc -y #卸载fastqc

拓展

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda info --envs #查看环境是否安装成功
conda activate rna-seq #激活
conda deactivate #退出当前的环境