学习小组Day3笔记 linux中安装程序 吴境宇

一 什么是conda

conda是linux中用于安装程序的搜索引擎,相当于App Store,可以方便的下载安装或卸载。

二 安装conda

  1. 查看linux环境,使用uname-a 查看系统是32位还是64位。
  2. 使用linux下载对应的conda程序,用wget命令下载。
  3. 下载好后进行安装,使用bash命令进行安装。
  4. 安装好后进行激活 使用source ~/.bashrc。(没有激活后期的操作无法完成)。


    查找最新版本的miniconda3

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

image.png

三 安装软件

在conda中有大量的程序可以下载,选择想要的即可,在下载过程中可以指定版本号,默认为最近版本。在安装好后,输入程序名 --help 进行确认,是否可以正常运行。

在使用时发现无法正常安装,原因为镜像不对。
镜像不对

根据提示直接搜索对应程序并安装
搜索

https://anaconda.org/bioconda/fastqc

必须更新,否则不下载!
更新要求

成功
成功安装

设置镜像

conda config --show-sources 查看当前镜像
conda config --add channels bioconda 增加bioconda镜像
conda config --set show_channel_urls yes 下载时显示镜像来源

四 conda环境的建立

在使用conda的过程中,可能会遇到环境冲突,各种软件之间可能会相互打架的情况,因此在conda中可以新建环境将需要使用的程序加入,防止报错。

  1. 使用conda create -n +环境名称 +需要的软件名建立。
  2. 激活刚才建立的环境,使用 conda activate + 环境名称。
  3. 退出建立的环境,使用 conda diactivate + 环境名称。

由于default中缺少程序,使用bioconda源
环境安装

激活与退出
激活退出
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