一 什么是conda
conda是linux中用于安装程序的搜索引擎,相当于App Store,可以方便的下载安装或卸载。
二 安装conda
- 查看linux环境,使用uname-a 查看系统是32位还是64位。
- 使用linux下载对应的conda程序,用wget命令下载。
- 下载好后进行安装,使用bash命令进行安装。
-
安装好后进行激活 使用source ~/.bashrc。(没有激活后期的操作无法完成)。
三 安装软件
在conda中有大量的程序可以下载,选择想要的即可,在下载过程中可以指定版本号,默认为最近版本。在安装好后,输入程序名 --help 进行确认,是否可以正常运行。
在使用时发现无法正常安装,原因为镜像不对。根据提示直接搜索对应程序并安装
必须更新,否则不下载!
成功
设置镜像
conda config --show-sources 查看当前镜像
conda config --add channels bioconda 增加bioconda镜像
conda config --set show_channel_urls yes 下载时显示镜像来源
四 conda环境的建立
在使用conda的过程中,可能会遇到环境冲突,各种软件之间可能会相互打架的情况,因此在conda中可以新建环境将需要使用的程序加入,防止报错。
- 使用conda create -n +环境名称 +需要的软件名建立。
- 激活刚才建立的环境,使用 conda activate + 环境名称。
- 退出建立的环境,使用 conda diactivate + 环境名称。