生信SCI的各大热点,一直关注的学员可能都熟悉,主要集中在以下几个领域:
1. 多肿瘤(泛癌):找共享基因,涉及肿瘤类型、样本类型和分子纬度
2. 多组学(主要DNA甲基化m6A、转录组、可变剪接等)联合分析
3. 肿瘤免疫浸润-靶标分子(单基因、亚型、signature、浸润预后等)
4. 疾病预后等模型构建
5. CeRNA/TF-lncRNA/WGCNA识别特定基因模块等
如果是肿瘤学的学员,推荐研究:预后+免疫+其他热点组合。
设计课题,首先要明确研究对象,是单个肿瘤还是泛癌?(泛癌必备神器:KM-Plot-pan-cancers)
是单个研究对象如mRNA还是组合研究多方涉及(非编码RNA+编码RNA)?【推荐mRNA为主,其他可以作为调控研究对象补充研究】
以【单基因】研究展开分析为例,教大家一个5分+的研究策略(思维导图的秘密)
1. GEO数据库检索:某专题,如“肿瘤干细胞”,然后查看单基因的title,如敲低/过表达XX基因-肿瘤干细胞的GSE数据集(此数据为XX基因的下游潜在DEGs)
2. 有XX基因的这样的数据集,整理表格,然后检索KM曲线,看看OS和RFS都有意义的基因有哪些
3. 常规初筛-表达差异(与OS趋势一致)-功能预测都有结果
4. 这个基因可作为单基因展开课题,单基因与疾病本身分析完了,可结合第一步的GSE数据集展开下游机制的分析(有芯片数据),文章会相对非常完整。
思路有了,非常清晰,重点就是苦力活的实践输出了(补充点qPCR和WB的实验会非常好发)~加油,多发几篇文章
【单基因+实验验证】,还能发5+以上,有实验条件的同学抓紧时间多刷几篇文章~