016 | 课题设计-2022年热点课题设计(5+研究策略分享)

生信SCI的各大热点,一直关注的学员可能都熟悉,主要集中在以下几个领域:

1. 多肿瘤(泛癌):找共享基因,涉及肿瘤类型、样本类型和分子纬度

2. 多组学(主要DNA甲基化m6A、转录组、可变剪接等)联合分析

3. 肿瘤免疫浸润-靶标分子(单基因、亚型、signature、浸润预后等)

4. 疾病预后等模型构建

5. CeRNA/TF-lncRNA/WGCNA识别特定基因模块等

如果是肿瘤学的学员,推荐研究:预后+免疫+其他热点组合。

设计课题,首先要明确研究对象,是单个肿瘤还是泛癌?(泛癌必备神器:KM-Plot-pan-cancers)

是单个研究对象如mRNA还是组合研究多方涉及(非编码RNA+编码RNA)?【推荐mRNA为主,其他可以作为调控研究对象补充研究】

以【单基因】研究展开分析为例,教大家一个5分+的研究策略(思维导图的秘密)

1. GEO数据库检索:某专题,如“肿瘤干细胞”,然后查看单基因的title,如敲低/过表达XX基因-肿瘤干细胞的GSE数据集(此数据为XX基因的下游潜在DEGs)

2. 有XX基因的这样的数据集,整理表格,然后检索KM曲线,看看OS和RFS都有意义的基因有哪些

3. 常规初筛-表达差异(与OS趋势一致)-功能预测都有结果

4. 这个基因可作为单基因展开课题,单基因与疾病本身分析完了,可结合第一步的GSE数据集展开下游机制的分析(有芯片数据),文章会相对非常完整。

思路有了,非常清晰,重点就是苦力活的实践输出了(补充点qPCR和WB的实验会非常好发)~加油,多发几篇文章

【单基因+实验验证】,还能发5+以上,有实验条件的同学抓紧时间多刷几篇文章~

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 221,635评论 6 515
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 94,543评论 3 399
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 168,083评论 0 360
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 59,640评论 1 296
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 68,640评论 6 397
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 52,262评论 1 308
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 40,833评论 3 421
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 39,736评论 0 276
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 46,280评论 1 319
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 38,369评论 3 340
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 40,503评论 1 352
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 36,185评论 5 350
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 41,870评论 3 333
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 32,340评论 0 24
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 33,460评论 1 272
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 48,909评论 3 376
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 45,512评论 2 359

推荐阅读更多精彩内容