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虽然，1645—1646年冬天清军已牢牢占领了江南主要的中心城市，却没有几个清朝官员相信这一地带已经完全掌握在他们手中。首先，崇明岛就依旧有海盗船入港停泊，清朝水军不止一次地在那里与复明分子的部队遭遇。再者，正如南京提督毛九华向北京朝廷所指出的那样，长江下游地区的复明残余力量可能与上游地区的其他抵抗武装，尤其是安庆一带的反清分子联合起来，也将是一个严重的威胁。安庆一带的各支反叛武装，是湖广腹地著名的“四十八寨”潜在的同盟军。这样，勤王运动就有可能蔓延整个长江流域，阻碍清朝在南京的统治。在这个前明陪都的周围地区，民众与新政权有着明显的对立。因此，不放弃和平招抚政策，不对1645年起义进行报复，避免激怒这么多人民大众，是有着重要意义的。所以，毛九华认为：得民得心，毋徒曰：以此众战，谁能御之；以此攻城，何城不克。于是，部分是出于力不从心，清政府在1646年继续实行与江南地方名流合作的政策。特别受到优待的是这一政策的制定者钱谦益，他在三月份应邀来到北京，以礼部侍郎管秘书院事，充明史馆副总裁。
1645年12月，张存仁出任闽浙总督，与唐王及鲁王的部队作战，均获大胜。[7]他的报告指出，数十名、甚至数百名为这些政权服务的官员向他的部队投降了。到了1646年9月，这些南明士大夫有许多来到北京等待新朝的任命。事实上，他们人数太多，以致出现严重的人多阙少的情况。部分是由于这一原因，有人提出所有这些投靠者都必须经过仔细审查，以便确定他们的政治历史是否合格。礼部正试图给这些文人委以新职，礼科给事中袁懋功向朝廷指出了一个问题。他特别谈到阮大铖这个人。阮大铖现在既是南方文人的遗弃者，又是满人的依附者。
对福建的统治就困难得多了，不过那里的复明运动在1646年秋也被镇压下去。唐王的隆武政权在福州海军将领郑芝龙的庇护下，于1645年8月在福州建立。虽然发动了好几次北征（包括1645年9月由名士黄道周率领的一次对江西的倒霉的袭击），隆武政权的主要希望还是在于与湖广长沙的何腾蛟部队会合。然而，郑芝龙不乐意让唐王脱离他的“保护”，最后这个海盗头子背叛了复明事业，秘密与洪承畴联系，表示愿意投降。博洛指挥清军从浙江进逼福建，郑芝龙希望得到博洛的报答，自动撤回了守卫福建北部的一些军队。这就给李成栋和佟养甲率兵进攻让开了道路。唐王及其夫人被迫逃离了行宫，10月6日在汀州被俘，即刻处死。此后不久，郑芝龙正式投降，虽然被留一条活命，却作为满人的俘虏被送到北京。同时，杨廷麟领导的南明军队曾试图抵抗降清将领金声桓的围攻，坚守战略要塞赣州。1646年11月当隆武皇帝的死讯传到赣州时，那儿的抵抗就崩溃了，整个江西成了金声桓的天下。到1646年12月，在南方抵抗清军的将领已经不多了：湖南的何腾蛟和褚胤锡，东南海岸的郑成功（郑芝龙的儿子）和黄斌卿，以及两广的瞿式耜和丁魁楚。
1647年对文人复明分子的清洗，既不意味着抵抗活动在江南完全终止，也不表示缙绅对地方的控制被打破。缙绅阶层拥有巨大的经济势力和社会影响，而且在此后10年里，这种势力和影响一直为他们所独占。然而，尽管残存着这种地方自主的力量，长江下游地区政治反抗的支柱却在1647年被摧毁了。这一地区的州县政府不久就委派了可靠的旗人来任职，而且直到19世纪，才有人向清朝对江南人民的统治提出根本性的挑战。新朝已根基坚固，难以动摇，以致它得以彻底改变先前留用明朝旧臣的政策，甚至敢于对最初制定这项政策的人，包括洪承畴本人在内，表示怀疑，并肆意指斥。
广东征服者李成栋被任命为提督，处于两广总督佟养甲的监视之下，他也被惹恼了。与金声桓一样，李成栋不满于清廷将满人或汉军旗人安置在可以控制这些新依附者的职位上这种方法。佟养甲也未采取任何措施，以稍稍缓和清廷的这种人事安排。因为作为一个“旧臣”，以及作为像博洛这样的满族主要亲王的知己，佟养甲认为自己有资格轻慢李成栋。李成栋则因暗中受到他的一个宠妾的煽动，傲慢的自尊心更加强烈。这个女人原是陈自壮之妾，为李成栋所获，强迫与之成亲，但她对明朝的忠心却始终不渝。所以，1648年5月，当佟养甲命李成栋率军北进为赣州解围时，李成栋遂举兵造反。佟养甲开始被强迫穿上明装，接着，五个月之后，他企图暗中与清政府联系，就被处死了。在南宁避难的永历皇帝应邀回到肇庆，1648年9月20日在那里建立了一个朝廷，封李成栋为国公。这时，湖广南部的其他永历将领受到鼓舞，在何腾蛟率领下，夺回了许多重要城镇。到1648年10月，南明政权控制了南方的绝大部分地区，清政府仅在广东和赣南，主要是赣州，还占有几块土地。
然而，南明的复兴只是昙花一现。赣州并没有落到复明军手中。清廷却在中原迅速聚集了兵力，遣大军分两路南下。一支由蒙、满、汉人组成，共3万人，在孔有德、济尔哈朗和勒克德浑的率领下，逼向湖广。另一支由谭泰、何洛会、尚可喜和耿仲明率领，从江西扑向南昌的金声桓和广东南部的李成栋。1649年3月1日，南昌陷落。金声桓身负重伤，自溺而死。次日，不断损兵折将的李成栋在徒步涉过新丰附近的一条河时意外淹死。同时，在湖广，孔有德率部逼近何腾蛟，俘获了他，并将其处死在湘潭。到1649年11月，湖广再度牢牢地处于清朝控制之下。
一直存在这样一种可能性，即来自曹州的一支大规模武装力量真正占领某个县城，并且与河北、河南这些邻近省份的叛贼或复明武装联合，也与当地匪盗结盟。在这种情况下，沿着大运河并经过河北大名府的国家交通主干线就会受到威胁，政府对冀南、鲁南和豫北地区的控制就会由此陷入危境。这种威胁在1648年阴历四月（4月23日至5月21日）成为事实了。当时一个名叫李化鲸的榆园军首领从曹州出军，围攻了跨越河北边境的东明城。由于当地反清分子起来响应，李化鲸夺取了东明，然后回军鲁南。到夏末，他又在鲁南起兵，攻占了曹州城及周围的曹县、定陶与城武县城。当山东乱党西进越过河北边境时，当地群盗也合伙攻击清丰、南乐等城。这些县城靠近军事重镇大名，当地的武将士绅虽然能够击退义军，但清军的伤亡惨重。在另一个方向，反军打到山东中部，袭击巨野城，从8 月30 日到9 月5 日围攻巨野，直到被清朝的援军赶跑。在南面，李化鲸的人马越过河南边境，渡过黄河，袭击归德。在开封附近，9 月20 日河北叛将刘之炳包围兰阳城。不久整个靠近开封的黄河北岸落入叛乱者手中，封邱城成了范慎行所率曹县军队的据点。此人据清政府塘报称，初系十足的“土寇”，后“起为盗”。 榆园军据说总共有2 万人，实际上是由20 多个独立营盘组成的联合团体，每营约有1000 人，散布在三个省份。据塘报的描述，他们的营地安在设有内堡的大型设防寨楼里，有大炮守卫，甚至包括佛郎机炮。堡垒顶上常常装饰有大幅白色旗帜，叛乱者携带女人和家畜一起住在营地里。当满蒙部队进攻叛乱者的防御工事时，有时干脆就将城堡烧成平地，把所有人都一把火烧死。有时他们也讲区别对待，只杀死男人，而把家畜和女人分给自己的士兵。他们很少容纳俘虏，绝大多数人都在当场受审后斩首示众。
张存仁赴大名就职后，第一件事就是亲往河南北部的归德县去拜访侯方域。一个朝廷总督屈尊于一个32岁的浪漫诗人，也许显得有点出格，但张存仁有充分的理由去向这位后来被《桃花扇》描写成悲剧性主角的人物表示自己的爱慕之心。侯方域曾逃往扬州以躲避南京阮大铖的势力。扬州陷落后，侯方域返回河南侯家庄。照当时一位传记作家理想化的说法，此后几年中，侯方域过着缄默优雅的半隐居生活，“与一二老儒论文”。然而事实上，侯方域是热情地介入了设法恢复缙绅对当地农村控制的活动。在产生了大顺政权的这个地区里，这是个显然关系到他家的土地利益的问题。侯方域因而设计出本地对付造反的措施，它包括恢复古老的“乡约”制度，系统地建立一个组织，由擅长于乡勇活动的当地士绅首领参加。张存仁了解到侯方域在这方面的努力，遂来到归德，既是为了征求侯方域的意见，又是为了与山东这个组织的成员接触。张存仁的造访，使侯方域感到不胜荣幸，遂同意合作。他首先向总督提供了山东重要的乡勇领袖如贾士泰等人的名单，接着他同意帮助召集乡长实施乡约制度。张存仁本人接着也拜访了贾士泰，以便获得他的支持。总督与这个乡绅联盟一起，把农村分成了几部分，由各乡长个人负责，清政府向乡长提供军需物资、委任官衔，以及（也许是最重要的）保证当盗匪或反清分子来袭时，迅速而有效地从各省出兵支援。[
