蒙古与南宋的战争，可以分为两个阶段。前期双方都在斗智斗勇，互相较劲；到了后期完全就是在比烂。
南宋朝廷的格局，起始于宋高宗时期的第二次绍兴和议。根据这个丧权辱国的条约，南宋正式割让了东至淮河，西至大散关以北的所有北方领土给金国。从此以后，南宋政权心甘情愿地当一个偏安政权。截止南宋与蒙古正式翻脸之前，南宋跟当时盘踞在北方的金国打了五次大战。其中两次挨打（海陵王南侵、金宣宗南侵）、两次北伐（孝宗北伐、开禧北伐），还有一次联合蒙古灭金。
蒙宋联军灭金前夕，金国已是亡国之态，南宋朝廷内的当朝大臣大多赞同联蒙灭金，刚登基不久的宋理宗便答应了蒙古的请求，但是作为联盟的条件，南宋方面希望蒙古在灭金后，能够把河南还给南宋。在得知蒙宋联盟后，金国方面立刻派使节到临安陈述利害，向南宋方面陈述了唇齿相依，唇亡齿寒的道理，希望南宋能放弃联蒙灭金的政策。但是遭到了宋理宗的拒绝。《金史》记载：绍定六年（1233年）的时候，“假蔡州都军致仕内族阿虎带同佥大睦亲府事，使宋借粮，入辞，上谕之曰：‘宋人负朕深矣。朕自即位以来，戒饬边将无犯南界。边臣有自请征讨者，未尝不切责之。向得宋一州，随即付与。近淮阴来归，彼多以金币为赎，朕若受财，是货之也，付之全城，秋毫无犯。清口临阵生获数千人，悉以资粮遣之。今乘我疲敝，据我寿州，诱我邓州，又攻我唐州，彼为谋亦浅矣。大元灭国四十，以及西夏，夏亡必及于我。我亡必乃于宋。脣亡齿寒，自然之理。若与我连和，所以为我者亦为彼也。卿其以此晓之。’至宋，宋不许。”
端平元年（1234年）正月，在蒙宋联军的围攻下，金国最后一个据点蔡州被攻克，金国皇帝金哀宗自缢而亡，临死前他将皇位传给了大将完颜承麟，是为金末帝。登基两个小时后，金末帝战死，至此金国灭亡。南宋和蒙古也从之前的不接壤，变成了邻国。双方也从盟友变成了对手，从此开始便进入了长达四十五年的蒙宋战争时期。
灭金之后，蒙古军北撤，造成河南空虚。当时的南宋朝廷，还有那么一点进取心，主战派在宋理宗的支持下，制定了一个“收复三京、北依黄河、西守潼关、抚定中原”的防御战略，与蒙古做长期对峙。按照这个战略，南宋方面要花费一年时间，组织十五万精兵北伐，结果血气方刚的宋理宗等不及，派了六万淮西军就先去了。
宋军北上后，一开始进展得比较顺利（毕竟河南都是无主荒地了），先进驻了故都开封，准备下一步收复洛阳。然而当时的开封城早已残败不堪，不复当年的之兴盛。宋军进城后，没有任何后勤物资，只得在城中等待后援。结果这就给了蒙古人调兵的时间，派兵在开封和洛阳之间设伏，将进军洛阳的宋军打得惨败。西进的宋军这一败，瞬间就导致了连锁效应。因为按照南宋的战略，收复三京的重点是要收复潼关，依靠潼关的天险防御蒙古军进攻。而且更要命的是，原定计划是十五万精兵北上，现在只有六万。宋军就算想增援西线，继续实现拿下潼关的计划，兵力上也不够用。于是宋军全线大溃败，“端平入洛”宣告失败。
需要强调的是，宋军在河南作战期间，表现得很英勇，并非不堪一击。宋军之所以会败，主要还是后勤不济和宋理宗好大喜功、对战争视如儿戏的态度。而蒙古军也并非三头六臂，宋军如能指挥得当，防住蒙古军的进攻还是没有问题的。
收复河南计划失败后，蒙古以南宋方面违约为借口，于是在端平二年（1235年）主动挑起了战争。蒙军在西起川陕、东至淮河下游的数千里战线上，同时向南宋发动猛烈进攻，宋蒙战争全面爆发。
战争打到端平三年（1236年），宋军三线全败，其中西线的蒙古军突入四川，在阳平关击败宋军曹友闻所部，乘胜进攻川北各要隘，将整个四川盆地全部扫荡了一遍，连成都也未能幸免，被蒙古人两次屠城。西线蒙扫荡四川的同时，中路的蒙军在荆襄战场上连破襄阳、随州、郢州及荆门军、枣阳军、德安府，南宋的整条京湖防线被完全打穿。湖北的江北之地全部拿下，蒙军隔长江与宋军对峙。宋理宗被各条战线的惨败急得焦头烂额。就在这个危急关头，名将孟珙挺身而出。
端平三年（1236年），孟珙首先在江陵挫败了蒙军渡江南下的企图；嘉熙元年（1237年），孟珙又在黄州挫败了蒙军的围攻，令蒙军“死伤十之七八”；嘉熙二年（1238年），孟珙展开反攻，将江北的襄阳、随州、郢州和荆门全部收复；嘉熙三年（1239年），西线蒙军杀至今天的重庆奉节，大有由川渝入荆襄之势，孟珙率军赶至奉节，大破蒙军，使得蒙军不能东下，巩固了荆襄地区。
嘉熙四年（1240年），中路蒙军在河南地区屯田，并建造战船，准备卷土重来。孟珙得知消息后，一改被动挨打的战术，主动向蒙军发动偷袭战，将蒙军的屯田和建造战船材的料全部烧毁，同时还遣一路人马将蒙军的物资仓库烧得一干二净，使得蒙军几年之内不敢再从荆襄南下。
淳祐元年（1241年），转机之年，这一年蒙古的第二代大汗窝阔台病崩。蒙古内部因为汗位之争，无暇对南宋发动大规模战争，于是南宋得到了非常宝贵的调整时间。乘着这个天赐良机，南宋着手西路的反攻，收复川渝地区。而担负这项任务的总负责人也是孟珙。另外朝廷还给他添了一员鼎鼎有名的副手——四川制置使余玠。
淳祐元年（1242年），宋理宗派遣在东路抗蒙战争中战绩颇著的余玠入蜀主政，以扭转四川的颓势，巩固南宋的上流防线。他一到任就对四川的政治、经济和军事进行大改革，使得四川战场由危转安，宋军逐步收复四川。为了应对蒙军的反扑，余玠创建了一套非常适合四川的山城防御体系，靠着这套体系，西路战场一直坚持到了南宋灭亡。
所谓山城防御体系，就是在沿江河或者交通要道上，选择险峻的山隘口筑城结寨。宋军可以依靠江河运输物资，使得各山寨互为声援，构成一完整的战略防御体系。后来打死蒙哥汗的钓鱼城，就是这套山城防御体系的核心和最为坚固的堡垒。
纵观这一阶段的战争，南宋方面虽然早期一触即溃，失地千里，但之后迅速调整，逐步扭转了战局，并且建立了一套防御蒙古军进攻的体系。值得一提的是，从这一阶段后期开始，蒙古军的主力就不是蒙古人了，而是降蒙的金人或者北方汉人。
跟蒙形成对峙局面后，南宋方面有一点志得意满。在对峙几年后，南宋朝廷逐渐对中路和西路的大将产生了不信任，因而各种打压，为后来南宋的灭亡埋下了祸根。
淳祐六年（1246年），蒙宋战争史上的一个小转折点，这一年，名将孟珙受到了宋理宗的怀疑，自解兵权，抱憾而亡。
事情的起因是原南宋镇北军将领、时任蒙古河南行省的范用吉背叛蒙古人，秘密向孟珙请求投降。孟珙大喜过望，急忙上书请求朝廷予以批准。因为范用吉身为蒙古河南行省的军政长官，一旦归顺，显然会在军事上对南宋的抗蒙大局有推动作用。但是宋理宗害怕范用吉的归顺会增长孟珙的势力，起了猜忌之心，拒绝了孟珙的请求。孟珙听说后，感到心灰意冷，为了避嫌，他主动上表请求致仕，宋理宗马上给予批准，准许孟珙退休。孟珙本就患病，回乡后就一病不起，当年病逝。
七年之后，守蜀有功的余玠也遭到怀疑。宰相谢方叔以各种理由迫害余玠，导致宋理宗将余玠召还于朝。余玠莫名其妙地被贬，当然是愤懑成疾，不久后便在四川暴卒（有传闻称余玠是服毒自尽）。
其实孟珙的郁郁而终，余玠的暴卒而亡，并不稀奇。因为当年的一代名将岳飞就是因为同样的原因，而遭到宋高宗的猜忌，自解兵权，迫害致死。从这一点就可以发现，南宋方面秉承了宋朝的一贯理念，就是不能让武将坐大。为了避免武将的军阀化，宋朝的皇帝宁可自毁长城，也要把武将们按得死死的。但问题是，蒙古与南宋打得是东至淮海，西至四川的全面战争，像这种全面战争，把首都设在临安的南宋朝廷，怎么可能全面掌控战局？不给地方将领实权，让将领在驻地自主经营，是不可能打赢战争的。
因此这便是南宋的一个死结！要想守住各条防线，就必须要给对方将领实权，但是给的权力过大，中央又不放心，后期会以各种理由把将领们撤职，再收回权力。如此反复无常，将领们怎能不心寒？实际上后期的蒙宋战争，替蒙古打前锋的人几乎都是北方汉人或者南宋的降将。因此可以说，南宋的灭亡，一半是实力差距，一半是南宋自己各种作死造成的。
南宋不怎么样，蒙古方面呢？其实也是乱七八糟，不过比南宋要好一点。蒙古的不足之处在于，窝阔台汗驾崩后，蒙古与其它四大汗国之间的关系逐步变差，尤其是蒙哥汗驾崩后，忽必烈强行夺权，导致蒙古本部与四大汗国之间公开分裂。失去了汗国的支持，忽必烈只能依靠北方的汉人、女真人、契丹人、回回人来维持统治。所以说，蒙宋战争的后期，双方都有内政不稳的问题。
但是蒙古比南宋强在一点，忽必烈为了维持统治，对北方的汉地给予了很大的实权，给北方汉地豪族大姓开出了一个南宋朝廷给不出的天价筹码——封建化。这也就是为什么北方汉人会对灭宋如此卖力的原因，因为人家蒙古人给的价码高！
需要强调的是，北方的汉族豪强经常有叛乱的现象，说明蒙古人在北方的统治并不是铁板一块。但是南宋给的价码不够，导致后来汉人基本上不信任南宋了。
景定五年（1264年），怠于政事，沉迷于声色犬马，令朝政大坏的宋理宗病崩。他的驾崩，并不是南宋朝政崩坏的结束，而是南宋朝政更崩坏的开始。因为继位的宋度宗，除了昏庸无能之外，还是个先天发育不足的傻皇帝。
据说宋度宗出身之前，他的生母因为出身微贱的关系，总是受王府正房夫人的欺负。有一天度宗的生母受宠幸，怀上了度宗。被王府夫人发现后，派人给度宗的生母逼服打胎药，谁知胎儿没打下来，还是出生了。因为他是宋理宗近亲中唯一的男孩，便得到了全府上下人的保护。可无奈的是，身为胎儿的宋度宗已经中药毒，从生下来开始就表现出天生体弱，手足发软的问题，很晚才会走路，七岁才会说话，智力低于正常水平。宋理宗为他配备了良师，精心教导，仍不能使他开窍，常常把宋理宗气得发昏。左丞相吴潜不同意让这个弱智儿为大宋天下的继承人，请求另选宗室子弟。
但是这个建议遭到了奸相贾似道的反对，他乘机向宋理宗进谗言，将吴潜贬往外地，别人更不敢多言了。因此宋度宗继位后，对贾似道非常信任，把军国大权都交给他来执掌。这样一来，原本就是暗无天日的南宋朝廷，就更加的腐朽不堪了。
宋度宗是宋理宗的侄子，因为宋理宗没有儿子，所以宋度宗便被为收为养子，立为南宋储君。
宋度宗继位三年后，忽必烈下令攻打南宋的重镇襄阳，是为襄樊之战。宋军起初利用汉水把物资源源不绝送入城内，与蒙军坚持了对峙了三年多。贾似道封锁了所有蒙古南侵消息，皇帝并不知此事，直到襄阳、樊城被围三年，宋度宗才得知此事。
咸淳七年（1271年），忽必烈在北京建立了元朝，大封群臣，为南下灭宋预热。
两年后，樊城失守。不久后，襄阳也被元军攻陷。尽管宋军死战不退，与元军在襄阳进行了激烈的巷战，但终因实力差距，坚守了六年之久的襄阳沦陷。在攻打襄阳之时，忽必烈还派了一路大军从西线包抄四川的宋军，将除了重庆之外的四川全部攻陷。而早在二十年前，蒙古灭了大理，完成了对南宋的三路包抄。
拿下襄阳的第二年，忽必烈下令二十万元军自汉江入长江，沿长江东下，一路上的南宋将领或者纷纷投降，或者望风而逃，根本组织不起有效的抵抗。两年后元军兵临临安城下，而南宋各地官僚将领只求自保，勤王之师甚少。无奈之下，谢太后带着小皇帝宋恭宗投降，元军占领临安，南宋基本灭亡。后来南宋的残余势力又坚持了三年，但总体上没有任何好转，最终崖山之战失败，陆秀夫背着小皇帝跳海自杀，南宋彻底灭亡。
崖山海战之后，坚守在重庆的宋军又奋战了几个月，弹尽粮绝后，出城投降。
其实纵观整个蒙宋战争，其从一开始，南宋就已经赢不了了。划江而治是好的结果，孟珙和余阶当年的努力，也只是这个效果而已。因为毕竟蒙古在各方面都有压倒性的优势，他们失败一百次都可以重新再来，而南宋只要失败一次，立刻就会遭到毁灭性的打击。所以说蒙古人占尽了天时！就连人和这方面，蒙古也比南宋要强一些。
虽然某些人对蒙古历代大汗多有贬低，但事实上，蒙哥也好，忽必烈也好，他们都不是那种对内政一窍不通的马上君王。或许忽必烈不是一个治世之君，但他对身边的汉人和汉化色目文官们很信任。这些人是搞经济一把好手，不管是农业发展，还是发行纸币搞金融，蒙古并不比南宋差。反倒是南宋那帮人，不知道是不是书读得多，把人读傻了。各种作死，把自己作死了。
不过在军事方面，公道地说，其实宋军的表现并不差，尤其是在防御方面。南宋的灭亡，其实是多种因素共同导致的结果，并不完全是军事上的失利。南宋的很多将领是因为政治的原因而选择叛逃蒙古，比如四川和襄阳军区的大批武将就是如此。这些人在转投到蒙古后，打起南宋一点都不手软。所以忽必烈灭南宋，政治方面的作用比军事方面要大很多。
这一点，在忽必烈称帝之后尤为明显。忽必烈称帝后，采用中华民族传统经济文化思想体系与南宋抗衡，大肆招抚南宋的官吏士卒，连游民聚众入见也予以重赏，重用投降官吏。事实上，蒙宋之战的后期，已经转化为封建王朝更替的战争了。
