网页在线版 https://igv.org/app/

    本地安装，下载网址：http://software.broadinstitute.org/software/igv/download （有Windows，MAC，Linux系统对应的版本）

下这种带JAVA的，省事

本地版

数据导入

    参考基因组：导入fasta文件(Genomes-load genome from file)，需要把索引文件一起导入；或 Genomes-load genome from Server下载参考基因组

    File-load from  file，输入的文件格式支持：

    bam/sam文件（比对，bam文件是经过sort了的，bam文件需要索引文件， bai或csi索引文件必须和bam放在同一个文件夹中，但是导入的时候，只需要导入bam即可）（建索引：bai:samtools index xx.bam;csi:samtools index -c xx.bam），TDF文件（bam精简版，只包括局部深度、正负链等信息，可用IGV tools转化为TDF）；

    bed文件（注释文件，基因的，转座子的等）；

    gtf/gff文件（注释文件，经过sort的，sort可以通过IGV自带的工具转换，Tools Run Igvtools）；

    ATAC-seq的bw文件，peaks.narrowPeak文件；

    PSL文件（Blast比对结果），VCF文件（SNP，indel等信息），IGV文件（IGV默认的格式）等来可视化

    搜索框可以同时输入好几个位置信息或者基因名，Go后可以同时显示。

    在轨迹信息栏和基因窗口都可以右键呼出如下菜单栏：

我输进去的bam的bw格式文件能显示上图类型，bam格式文件显示的没那么多。图自https://cloud.tencent.com/developer/article/1872201?from=article.detail.1858743    王诗翔

    右击track设置颜色、高度、呈现形式（热图，柱形图）、取值方式（标准化，均值等）等属性；AutoScale是否自动缩放（根据不同区域的深度情况自动调整深度范围）；log scale为标准化了数据。

bam文件

    当加载一个bam文件时，一般会创建三个相关的tracks：http://software.broadinstitute.org/software/igv/alignmentdata

Alignment Track 对每个比对的reads进行可视化

Coverage Track 对测序深度和覆盖度进行可视化

Splice Junction Track 对可变剪切位点进行可视化

默认仅显示Alignment Track和Coverage Track，可以在track这里右键设置是否显示这几个track

    “Collapsed 折叠” ，“Expanded 扩展”， “Squished 扁平化”

   当导入bw文件时只有Coverage track的内容，为read的覆盖深度，想看read的比对信息还要用bam文件。

    覆盖度栏(Coverage Track): 用于直接展示reads 的丰度，高度代表比对到此处read数目。

    Reads栏(Reads Track): 主要用于直接展示reads的比对情况。选择 Expanded（Show mismatched bases）；当比对到参考基因组上的测序片段中有超过20%与参考基因组不同时,就用不同的颜色标注，红色-T,蓝色-C,绿色-A,橙色-G。否则默认条件下用灰色标注。在更高的分辨率下,可以查看每个碱基下覆盖的各种碱基的数目及比例。选择Color alignment by-Read strand,可将read分为左右两端查看。reads较多可以Sort alignment by或者Group alignment by进行排序和分区查看。

https://mp.weixin.qq.com/s/r6p1IvjBJjd2WTNUPQCZuQ    生信星球

https://mp.weixin.qq.com/s/r6p1IvjBJjd2WTNUPQCZuQ    生信星球

插入，缺失，SNP转换颠换，重复等

    插入 用紫色的 I 或红色的 I （当插入的碱基数多余预设的阀值时）表示；鼠标停留能查看详细的插入碱基情况

https://www.jianshu.com/p/5477dd408146 Sc_RNA_seq

https://www.jianshu.com/p/4089d07ba239 shannonnana

Splice Junction Track：Junction 来自于正链用红色表示，来自于负链使用蓝色表示。

对于RNA_seq的数据，由于内含子的存在，reads比对到基因组上，是需要跳过内含子区的，splice junction track用曲线将外显子边界连接起来。

https://www.jianshu.com/p/4089d07ba239 shannonnana

IGV自带的igvtools工具使用

基因是用线和条形描绘的

    横线表示内含子区域，竖条表示外显子区域，箭头表示基因转录的方向或者说转录的链。内部的竖条表示外显子的CDS区域，两端的竖条是UTR。图中表示的是5’到3‘方向，基因在正链，5’UTR在左侧，3‘UTR在右侧。基因颜色可以设置：右键track名字，change track color

    外显子与内含子的邻接部位是一段高度保守的序列：外显子尾巴与下一个内含子的头部多数是GT，内含子的尾巴与下一个外显子的头部多数是AG，可以简单记做GT-AG法则，作为RNA剪切的识别信号

为检索区域添加书签

    Regions-Region Navigator，当进行全局浏览时，可以边看边点击add 来添加。查看某个标签点 view

50-100 kb查看局部信息，如基因表达，突变等，500bp可查看单碱基水平的情况。

网页在线版

    Genome 选项，从本地导入自己物种的参考基因组，需要把索引文件一起导入

    Tracks 选项，可以根据自己的需求，导入文件可视化。

 四个样本的bw文件，这里"峰"的高低，代表有多少条序列回帖比对到这个位置上。

    Coverage track，上面灰色柱，表示的是该样品在基因组上的覆盖度，横坐标是基因组位置，纵坐标则是该位置上的测序深度。下面对应的是该样品比对到参考基因组上read的track，每一条代表一个read，可以通过讲鼠标的光标移动到read位置，就可以显示比对详情，也可以直观的看到每个碱基是什么。当导入bw文件时只有Coverage track的内容，为read的覆盖深度，想看read的比对信息还要用bam文件。上图覆盖度纵坐标没有自动缩

    覆盖度栏(Coverage Track): 用于直接展示reads 的丰度，高度代表比对到此处read数目,当比对到参考基因组上的测序片段中有超过20%与参考基因组不同时,就用不同的颜色标注，红色-T,蓝色-C,绿色-A,橙色-G。否则就用灰色标注。在更高的分辨率下,可以查看每个碱基下覆盖的各种碱基的数目及比例。AutoScale是否自动缩放（根据不同区域的深度情况自动调整深度范围）

    Reads栏(Reads Track): 主要用于直接展示reads的比对情况。选择Color alignment by-Read strand,可将read分为左右两端查看。

挺多其他还没用到的小细节还没学

声明：本篇多为资料整理总结，仅用于自学记录，侵删，谢谢。感谢作者大大们分享：

刘小泽    https://www.jianshu.com/p/9221ce6c5092

生信星球    https://mp.weixin.qq.com/s/r6p1IvjBJjd2WTNUPQCZuQ

shannonnana    https://www.jianshu.com/p/4089d07ba239

Sc_RNA_seq https://www.jianshu.com/p/5477dd408146

王诗翔    https://cloud.tencent.com/developer/article/1872201?from=article.detail.1858743

东风008    https://www.jianshu.com/p/256b51722f0c

.插入：用紫色的 I 或红色的 I （当插入的碱基数多余预设的阀值时）表示；鼠标停留察看详细的插入碱基情况