linux环境下的软件安装
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软件管理Miniconda
微信图片_20220504150828.jpg图片来自生信星球
如何将miniconda下载到服务器上
①百度/谷歌搜索“miniconda 清华”，找出miniconda
②查看服务器：输入命令uname-a
③进入昨天设置的目录：cd ~/biosoft
④miniconda下载代码wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
⑤miniconda安装
输入命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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“Do you accept the license terms? [yes|no]”重要节点，操作见下图：
安装成功：
激活conda：输入命令
source ~/.bashrc输入
conda后出现满屏的信息说明成功了
⑥添加镜像
把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车（注意理解代码的意思有什么用？）
图片来自生信星球
- conda使用
①conda list查看当前服务器上安装的所有软件列表
图片来自生信星球微信图片_20220504155235.jpg
②conda install fastqc -y安装软件
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
③ 确认fastqc软件是否安装成功
输入fastqc --help,出现帮助信息说明安装成功
④ 卸载软件 conda remove fastqc -y
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congda环境
①```conda info --envs````查看环境 (前面带*的就是默认的)
图片来自生信星球微信图片_20220504155713.png
② 建立一个名叫rnaseq的conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
③ 查看conda环境
conda info --envs
④激活新的conda环境
conda activate rna-seq
测试新环境fastqc，出现说明信息，证明成功
退出当前环境conda deactivate
感谢生信星球学习小组
