Ingenuity Pathway Analysis (IPA) 是一种基于云计算的图形化界面生物信息学软件，能够从生物学通路角度将组学数据进行分析、整合和理解。IPA 适用于转录组学、蛋白质组学、代谢组学等大数据分析，也适用于一些产生基因、化学物质列表的小规模实验1。
主要功能
经典通路分析
IPA 的经典通路分析能够根据上传数据中的分子上下调来预测通路的激活或抑制状态，并预测整个通路被激活后的变化趋势。例如，蓝色的柱子表示对应的通路被抑制，橙色的表示激活1。
上游调控因子分析
IPA 可以预测差异基因的上游调控因子，包括转录因子、细胞因子、小RNA、激酶、化学分子和药物等。这些调控因子通过调控基因表达来影响下游功能2。
疾病与功能分析
IPA 还可以通过分析确定基因在疾病和细胞功能中的作用。例如，通过柱状图展示基因介导的疾病和功能分类，并根据Z值绘制热图，显示疾病和功能的激活或抑制状态2。
调控效应分析
IPA 通过计算一致性评分，描述上游调控因子和下游功能途径之间的因果一致性。例如，内皮细胞粘附和髓系细胞募集获得的一致性评分最高2。
分子网络分析
IPA 还可以展示数据集中分子之间的相互作用，并通过分数值对所有网络进行排序。例如，某个网络包含35个分子，主要参与神经系统疾病、遗传性疾病、机体损伤等过程2。
使用步骤
数据格式：准备好符合 IPA 要求的数据格式。
导入数据并做图：将数据导入 IPA，并选择相应的分析和绘图选项。
挑选并导出结果：根据分析结果挑选重要的通路和网络，并导出图表和数据。
总结
IPA 是一个功能强大的生物信息学工具，能够帮助研究人员从组学数据中挖掘出有价值的生物学信息。通过经典通路分析、上游调控因子分析、疾病与功能分析、调控效应分析和分子网络分析，IPA 可以为科研工作提供全面的支持12。
