一.Velvet的安装

1. apt-get安装velvet软件

• 在自己的虚拟机中输入以下命令

sudo apt-get install velvet    
velveth    #测试是否安装成功

adp安装velvet1.PNG

2.Velvet的运行安装

• step 1: velveth接受输入的文件，产生一个hash表；生成两个文件：Sequences和Roadmaps

velveth velvet_out 31 -shortPaired -fastq -separate /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz

velvet4.PNG

• Step 2: velvetg进一步组装基因组

velvetg velvet_out -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes

velvet5.PNG

3.源代码编译安装velvets

• apt-get默认安装的velvet最大km值只有31；源代码编译安装的话可以修改这个值到127。

tar zvxf /disk1/shares/velvet_1.2.10.tgz -C ~/Biosofts/ 
cd ~/Biosofts/velvet_1.2.10/
make 'CATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=127' 'LONGSEQUENCES=1'  'OPENMP=1' 'BUNDLEDZLIB=1'  
#修改Velvet的参数
./velveth -h  #查看是否安装成功

velvet1.PNG

velvet2.PNG

velvet3.PNG

4. 比较不同kmer值对velvet组装结果的影响

• 用nano命令打开kmerselection.sh文件进行编辑

nano kmerselection.sh
#输入如下代码
################################
#!/bin/bash

Data1=/disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz
Data2=/disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz
Velvet_dir=~/Biosofts/velvet_1.2.10

for k in `seq 23 8 127`;do
    mkdir velvet$k
    $Velvet_dir/velveth velvet$k $k -shortPaired -fastq -separate $Data1 $Data2
    $Velvet_dir/velvetg velvet$k -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes

 done
############################

velvet6.PNG

• 赋予kmerselection.sh文件执行权限

chomd +x kmerselection.sh

• 进入kmerselection.sh文件

./kmerselection.sh

velvet7.PNG

用命令ll查看文件的权限，并用"chmod +x/r/w 文件名"修改权限。