一.Velvet的安装
1. apt-get安装velvet软件
- 在自己的虚拟机中输入以下命令
sudo apt-get install velvet
velveth #测试是否安装成功
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adp安装velvet1.PNG
adp安装velvet1.PNG
2.Velvet的运行安装
- step 1: velveth接受输入的文件，产生一个hash表；生成两个文件：Sequences和Roadmaps
velveth velvet_out 31 -shortPaired -fastq -separate /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz
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velvet4.PNG
velvet4.PNG
- Step 2: velvetg进一步组装基因组
velvetg velvet_out -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes
velvet5.PNG
3.源代码编译安装velvets
- apt-get默认安装的velvet最大km值只有31；源代码编译安装的话可以修改这个值到127。
tar zvxf /disk1/shares/velvet_1.2.10.tgz -C ~/Biosofts/
cd ~/Biosofts/velvet_1.2.10/
make 'CATEGORIES=10' 'MAXKMERLENGTH=127' 'LONGSEQUENCES=1' 'OPENMP=1' 'BUNDLEDZLIB=1'
#修改Velvet的参数
./velveth -h #查看是否安装成功
velvet1.PNG
velvet2.PNG
velvet3.PNG
4. 比较不同kmer值对velvet组装结果的影响
- 用nano命令打开kmerselection.sh文件进行编辑
nano kmerselection.sh
#输入如下代码
################################
#!/bin/bash
Data1=/disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz
Data2=/disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz
Velvet_dir=~/Biosofts/velvet_1.2.10
for k in `seq 23 8 127`;do
mkdir velvet$k
$Velvet_dir/velveth velvet$k $k -shortPaired -fastq -separate $Data1 $Data2
$Velvet_dir/velvetg velvet$k -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes
done
############################
velvet6.PNG
- 赋予kmerselection.sh文件执行权限
chomd +x kmerselection.sh
- 进入kmerselection.sh文件
./kmerselection.sh
velvet7.PNG
