usage: htseq-count

usage: htseq-count [options] alignment_file gff_file

-f {sam,bam}  (default: sam)
-r {pos,name}  (default: name)
-s {yes,no,reverse}  (default: yes) #此处关于选项-s为我自己的认识，不一定对
    #数据是否来源于链特异性测序，链特异性是指在建库测序时，只测mRNA反转录出的cDNA序列，而不测该cDNA序列反向互补的另一条DNA序列；换句话说就是，链特异性能更准确反映出mRNA的序列信息
    #我们知道在gff/gtf中第7列是+-信息，+表示来源于参考基因组序列正链，-表示参考基因组序列的反向互补链
    #sam/bam文件的第2列是flag信息，也可以看出比对到正链还是负链
    #stranded=no，无链特异性，一条reads通过flag列知道比对到+还是-链后，不管是不是和gff/gtf相匹配，都算是这个feature中的
    #stranded=yes, 且se测序，要和gff/gtf相匹配，才算是这个feature中的
    #stranded=yes, 且pe测序，要和gff/gtf相匹配，才算是这个feature中的
    #stranded=reverse，是yes的相反，这时不是和gff/gtf相匹配了，而是恰好相反，可能源于另一种链特异性，只测cDNA序列反向互补的另一条DNA序列
-a MINAQUAL (default: 10)
    #忽略比对质量低于此值的比对结果
-t FEATURETYPE 
    #feature type (3rd column in GFF file) to be used, all features of other type are ignored (default, suitable for Ensembl GTF files: exon)
    #没想到这个还能自己设置
-i IDATTR
    #GFF attribute to be used as feature ID (default, suitable for Ensembl GTF files: gene_id)
-m {union,intersection-strict,intersection-nonempty} (default: union)