（1）显示工作路径 getwd()
（2）要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。
（3）数据类型：
向量（vector）👈重要（向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。）；
数据框（Data frame）👈重要（表格在R语言中改名叫数据框）；
矩阵（Matrix）
数组（Array）
向量
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量（有序排列）
赋值
> x <- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
> x
[1] 1 2 3
> x<-1:10 #从1-10之间所有的整数
> x
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
> x<-seq(1,10,by=0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数
> x
[1] 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5
[9] 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5
[17] 9.0 9.5 10.0
> x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
> x
[1] 1 2 3 1 2 3
从向量中提取元素
x int[1:6] 1 2 3 1 2 3
（1）根据元素位置
> x[4]
[1] 1
> x[-4]
[1] 1 2 3 2 3
> x[2:4]
[1] 2 3 1
> x[-(2:4)]
[1] 1 2 3
> x[c(1,5)]
[1] 1 2
（2）根据值
> x[x==10]
integer(0)
> x[x==1]
[1] 1 1
> x[x<0]
integer(0)
> x[x<3]
[1] 1 2 1 2
> x[x%in%c(1,2,5)]
[1] 1 2 1 2
数据框
读取本地数据
> read.table(file="huahua.txt", sep="\t",header=T)
X1 X2
1 A 1
2 B NA
3 C NA
4 D 3
5 E NA
> a<-read.table(file="huahua.txt", sep="\t",header=T)
read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = ""'",
dec = ".", numerals = c("allow.loss", "warn.loss", "no.loss"),
row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors,
na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1,
skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip,
strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE,
comment.char = "#",
allowEscapes = FALSE, flush = FALSE,
stringsAsFactors = default.stringsAsFactors()
fileEncoding = "", encoding = "unknown", text, skipNul = FALSE)
sep
the field separator character. Values on each line of the file are separated by this character. If sep = "" (the default for read.table) the separator is ‘white space’, that is one or more spaces, tabs, newlines or carriage returns.
header
a logical value indicating whether the file contains the names of the variables as its first line. If missing, the value is determined from the file format: header is set to TRUE if and only if the first row contains one fewer field than the number of columns.
设置行名和列名
> X<-read.csv('doudou.txt')
> X
X1 X2
1 A 1
2 B NA
3 C NA
4 D 3
5 E NA
> colnames(X)
[1] "X1" "X2"
> rownames(X)
[1] "1" "2" "3" "4" "5"
> colnames(X)[1]<-"bioplanet"
> colnames(X)
[1] "bioplanet" "X2"
> X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)
> X
X2
A 1
B NA
C NA
D 3
E NA
数据框的导出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）
变量的保存与重新加载
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令
提取元素
> X<-read.csv('doudou.txt')
> X
X1 X2
1 A 1
2 B NA
3 C NA
4 D 3
5 E NA
> X[1,2]
[1] 1
> X[3,]
X1 X2
3 C NA
> X[,2]
[1] 1 NA NA 3 NA
> X[2]
X2
1 1
2 NA
3 NA
4 3
5 NA
> X[1:2]
X1 X2
1 A 1
2 B NA
3 C NA
4 D 3
5 E NA
> X[c(1,2)]
X1 X2
1 A 1
2 B NA
3 C NA
4 D 3
5 E NA
> X$X2
[1] 1 NA NA 3 NA
【选修部分】直接使用数据框中的变量
> options(stringsAsFactors = T)
> a <-data.frame(case=paste0("S",1:9),values=runif(9))
> a
case values
1 S1 0.90779736
2 S2 0.71654872
3 S3 0.68911164
4 S4 0.28194740
5 S5 0.01935258
6 S6 0.35217174
7 S7 0.09469227
8 S8 0.58675009
9 S9 0.95823204
> plot(a$case,a$values)
环境设置函数为options()，用options()命令可以设置一些环境变量，使用help(options)可以查看详细的参数信息。
R语言数据框中的stringsAsFactors参数
为了避免重复地键入对象名称,不能允许数据框名出现两次。
方法1：attach
> plot(a$case,a$values)
> attach(a)
> plot(case,values)
> detach(a)
> plot(case,values)
Error in plot(case, values) : 找不到对象'case'
方法2：with
> with(a,{
+ plot(case,values)
+ x<<-summary(values) #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
+ })
> x
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
0.01935 0.28195 0.58675 0.51184 0.71655 0.95823
>with的用法1
> with(mtcars,{
+ summary(mpg,disp,wt)
+ plot(mpg,disp)
+ plot(mpg,wt)
+ })
#大括号{}之间的语句都只针对数据框mtcars执行，但如果大括号中只有summary(mpg)一句的话，则省略大括号。
with的用法2
> with(mtcars,{
+ stats<-summary(mpg)
+ stats})
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
10.40 15.42 19.20 20.09 22.80 33.90
学会保存脚本
另外请在作业中回答一个问题：save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？
X没有赋值。用X<-语句给X赋值。
