清帝退位诏书宣布，英、美、德、法等国公使立即向袁世凯表示祝贺，并答应在经济上给予支持。同一日，袁世凯发表“真电”：南京孙大总统、黎副总统、各部总长、参议院同鉴：共和为最良国体，世界所公认，今由帝政一跃而跻及之，实诸公累年心血，亦民国无穷之幸福。大清皇帝既明诏辞位，业经世凯署名，则宣布之日，为亲政之终局，即民国之始基。从此努力进行，务令达到圆满地位，永不使君主政体再行于中国。现在统一组织，至重且繁，世凯亟愿南行，畅聆大教，共谋进行之法；只因北方秩序不易维持，军旅如林，须加部署；而东北人心，未尽一致，稍有动摇，牵涉全国，诸君皆洞鉴时局，必能谅此苦衷。至共和建设重要问题，诸君研究有素，成竹在胸，应如何协商统一组织之法，尚希迅即见教。袁世凯真。
13日，孙中山向临时参议院提出辞呈，并推荐袁世凯任临时大总统。参议院对选袁世凯为总统全无异议，但是，对定都问题争论激烈。同盟会议员黄复生等坚主定都南京，黄复生说：“袁世凯在北方有雄厚势力，若定都北京，袁为总统，则推翻清朝换来袁世凯，亦是以暴易暴，所以必须定都南京。”
直隶、奉天、云南、山西等省议员力主建都北京：“定都为全国人心所系，应在可以统驭全国之地，使中国能成完土，维系全国人心，并达我民国合五大民族为一国的宗旨。南京不能控制满蒙，北军以蒙古和满洲为其后援，则死灰将复燃。暂定南京，因当时大江以北尚在清军范围内。今情势既异，自应因时制宜，定都北京。”
投票表决，以20票对8票的多数，决议定都北京。孙中山震怒，急召黄兴、黄复生等：“书生之见！妇人之见！参院不该通过此案而甘为袁世凯应声虫！袁世凯出卖维新派，镇压北方革命，血迹未干，痛犹在！定都北京，革命必将被葬送！”
黄兴怒不可遏，两手插入军服口袋，踱来踱去。他猛然站定，说：“不能定都北京！绝对不能！我们为革命流了多少血？！”
黄复生说：“可以由大总统再交参议院复议。”
黄兴：“参议院应自动推翻此案，否则，我将以宪兵入参议院拘所有同盟会议员。”
14日，孙中山统率文武官员往祭明孝陵，胡汉民称病留府，草拟咨文将建都北京案退交参议院复议。参议院临时变更议程，首先讨论此案。再经激烈争论，再投票表决，以19票对8票的多数，决议临时政府仍设南京。国都风潮平息，孙中山祭陵完毕。
15日，临时参议院开临时大总统选举会，17省代表17票，袁世凯以17票当选为中华民国临时大总统。20日，临时参议院公举黎元洪任中华民国副总统。
