汉武帝最大的政治变局也和信仰世界、迷信有关。它的本质是一场太子的敌对势力栽桩陷害、对于卫式集团的大清洗。古人相信天命和天意。因此“巫”这类人物，被看作他们有能力和鬼神交流，可以通过跳舞来使得鬼神附身。汉武帝有一次病了，也请过巫医来治疗，居然痊愈了。
自此之后首都聚集了大量的神棍、巫师。大量的巫师开始和贵族来往出入宫廷，这就埋下了不少的祸根。女巫们也出入后宫，教后宫的妃嫔用巫术来祈福和诅咒。所以埋木人祭祀这个事情就越来越容易成为被其他人攻击的把柄，相互嫉妒争风吃醋，也用这个方法来陷害别人。
之前陈皇后陈阿娇用这个办法来诅咒卫子夫，汉武帝命令张汤去处理。挑唆诅咒的女巫被杀头了，陈皇后也被废。
公孙敖，就是窦太后把卫青绑架要杀卫青，这个时候将卫青救出来那位，有一次被匈奴打败，本来应该问斩。但是为了躲避刑罚炸死，然后逃亡隐匿在民间。五六年之后被发现了，被汉武帝抓来关在牢里没判决。后来有人告发说公孙敖的夫人涉嫌用巫术。达到某些目的，公孙敖也被腰斩。
后来公孙贺也被人告发，用无数诅咒汉武帝，他和他的儿子都死了。他这个儿子不省心，盗用公款被抓，公孙贺很着急，他就主动向汉武帝请缨负责督办，全力抓捕大侠朱安世。结果朱安世这样消息灵通的人被抓之后开始告发。不仅告发了公孙贺儿子和汉武帝女儿阳石公主私通，还告发了他们派人在去往甘泉宫的道路上埋木偶下咒语。公孙贺父子全部死于狱中，两个受到牵连的公主也被杀。
同时被杀的还有卫青的儿子卫伉——公孙贺被杀之后半年针对戾太子的陷害就出现了，所以班固和司马光认为是江充正愁没有陷害太子的机会，公孙贺的案子给了他启发。《资治通鉴》说汉武帝有一次做个梦，梦见几千个木人手里拿着木杖要打他，结果被吓醒了，从此精神恍惚。实际上司马迁在写巫蛊之乱的时候，也注意到被牵连的人都是卫青系统的人。
活到29岁，汉武帝才有第一个儿子，也就是刘据——他十分疼爱自己的孩子，加大力度培养，光一部《春秋》，都安排两个不同学派的老师给他讲课。而随着卫子夫的年老色衰，汉武帝对其的宠幸也日益减小，这也同时影响了刘据。另一个原因，是刘据出生之后其他的皇子也接二连三出生。
刘据比较温顺宽厚，和他的父亲形成鲜明的对比。他也比较反对战争，汉武帝对此稍微有些看法。因此朝廷中也就分为两派，而太子受到的诋毁远远大于赞誉。
卫子夫察觉出来了，为此汉武帝还特意找卫青来谈话，说有强敌环绕自己也不得不四处征伐，但是对于太子来说，等自己死后他可以安静守成，这也是可以的。他不找太子娘俩来主动聊这个事儿，说明这也不是真心的，这只是说给他们听的。后来勾戈夫人怀胎十四个月生下刘弗陵，小儿子被看作是尧舜。后来李夫人受宠，李广利也被看做是要去取代卫青，这也被司马光认为是刘据和母亲的祸根。
汉武帝和太子的矛盾也逐渐暴露出来，有一次她去母亲的府上探望，聊的时间久了，就太监挑拨离间打小报告说太子调戏宫女。有一次汉武帝身体不舒服有人打小报告说太子面有喜色，但汉武帝后来见到太子，发现他明明是刚哭过，汉武帝就把那太监杀了。
江充是汉武帝喜欢的执法严厉的官员。他跟太子的矛盾是因为太子派去看汉武帝的人不守规矩，让马车走到天子专用车道上去了，就被江充看到了就依法把事儿给办了。太子求情也不好使。随着汉武帝老去，江充发现如果太子继位的话没有自己好果子吃，看见公孙贺因巫蛊获罪，就想到办法陷害太子了。他跟汉武帝说他的病一定是巫蛊在作祟。汉武帝命令江充去查这件事儿。
江充在民间抓了一大批人，严刑拷打屈打成招，还串通一名巫师说宫里有蛊气，看来有人诅咒汉武帝。后来慢慢查到皇后太子的地方了。太子问身边人怎么办？他们建议太子先下手为强，就杀了江充。很多事情就没法解释了，他没找汉武帝解释，而是杀死汉武帝派来的使者之后直接起兵造反。
江充的同伙跑到汉武帝那儿说太子造反了。丞相也得到汉武帝的指示，调动军队和太子作战，死了不少人，越来越多的老百姓也相信太子造反了都不愿意依附太子，最后兵败，卫子夫自杀。太子一开始跑出长安，被一个叫田仁的人放走，田仁后来被杀，太子最后被发现行踪也自杀了。
班固把汉武帝晚年的政治变局归为天意，强调太子刘据的命不好，也强调江充和太子之间的矛盾。不是人的力量能办到的——太子生于兵灾，也应该死于兵灾。
司马光认为，汉武帝让太子自由发展是一个错误的行为。因为太子身边的人鱼龙混杂，缺乏判断力的年轻太子容易养成一些不好的习性。比如劝太子杀江充的，就是旁边的辅佐太子的大臣。
司马迁的《报任安书》，其中的任安就是受巫蛊之祸牵连被腰斩者。让狱中的人看见好多的竹简是几乎不可能的事情，所以司马迁还是在用这个东西来表达自己的愤懑，他同情太子不希望继续劳民伤财和穷兵黩武，但是太子死后一切化为泡影。
巫蛊之祸的第二年就发生了李广利起兵去打匈奴。他出发前嘱咐丞相，劝汉武帝立昌邑王刘髆为太子。不能保证他们是巫蛊之祸的推手，但他们也是利益集团。过了之后不久，丞相刘屈氂因为巫蛊被杀，李广利由于带兵在外逃过一劫，他的家人被灭族，他也投降了匈奴。一年半之后，昌邑王刘髆也死了，死因不明。
