公共部门绩效管理是政府通过多年的经验从企业借鉴过来的已经成为公共部门管理的重要工具，它能够促进组织和个人绩效的提升，促进管理流程和业务流程优化，还能够保证保证组织战略目标的实现。但纵观我国的绩效管理全局，仍然存在不少问题。
首先是理论研究和实践相对不足，公共部门的产出难以以量化进行计算且成本不具备足够的可比性，所以很难制定出统一的评估标准。所以研究者是要具备相对成熟的各科学科能力的人。公共部门绩效管理还受到文化、历史、经济、政治以及国情的影响，在我国易受传统行政作风、体制等因素的制约，导致见效慢、研究难。
其次绩效管理的制度基础薄弱。目前，我国公共部门绩效管理的组织结构、职能配置以及运行机制等仍沿用原来的样式，现代绩效管理的优势难以充分发挥。
最后是绩效管理及评估技术上存在问题，结构以及运营流程尚不清楚的情况下难以生成科学的绩效数据，而且严重干扰了数据收集工作的开展，不利于绩效数据的处理及评估。
要解决这些问题，我们需要积极转变政府职能，精简机构。进入有效的竞争机制，实现公共管理主体的多元化。要加强对公共部门的监督并且要逐渐增强公务员的服务意识。建构起政府绩效评估的有效方法例如逐渐建立起合理、全面、科学的绩效评估体系，进一步规范政府绩效评估体系，还可以推动政府绩效评估主体朝着多元化方向发展。
