两汉时期，秦汉帝国时代形成的文化、政治、经济形态开始发生质的变化，在东汉末期最终崩溃，形成了三国鼎立的局面，然后进入史称“五胡乱华”的南北朝。这段持续四百年的时间中，中国经历了衰变和重整，分久必合，最后隋唐统一，又重新成为天下国家。
西汉统一天下之后，董仲舒的宇宙论主张五行轮替，认为君主天命应时常改换，不应由一姓一朝永远继承。这个观念引出了许多儒家学者认同的让贤理论。而皇帝为了应对这个观念，常常改元，以示重新开始的新天命。甚至改变国号、帝号，希望以此消灾。同时出现外室打着“天命”的旗号篡权的历史。
西汉时的儒家，以“以天下为己任”为使命，坚持君权为天下，不为皇权独有的理论；这时期的儒学以经世致用为宗旨，希望能够在世上开创大同。到东汉，儒家却变为完全以考证训诂为学问，成为了繁琐之学，丧失了东汉时期参政议政的活力。
汉代的文官制度，原来的设计是以丞相为百官之首，下辖的文官系统代表的是治权，与皇帝代表的政权彼此制衡，具有独立运作的权力。但在东汉时君权强大，文官系统不再独立。此后，中国两千年来，再没有过真正意义上的具有独立性的文官体系可以制衡皇权。
文官体系为皇权服务，就脱离了儒家最初的宗旨和理想，官员们更注重自己的功名利禄。而举荐人才的察举制度逐渐为官宦后代垄断。在这样的人才制度下，东汉开始出现地方豪族，无形中逐渐形成事实上是贵族的官僚阶级。这些豪族掌管了地方政治的话语权，原来的异地任职平衡作用消失殆尽。外来的官员失去掌控权，一切唯地方豪族是从。地方与中央不再有互相制衡的机制，地方慢慢成为独立的单位。东汉末年，除了外戚和宦官乱政外，地方由豪族据有，在外力攻击下，国家最终分崩离析。
东汉开始出现的豪族，至三国时期成为各地的地方势力。南北朝时期，北方的汉人族群，以大族为核心向南迁移；或一个称之为“流民帅”的领袖人物带领难民逃往南方。北方，五胡分别立国。至此，改变了汉朝以地方为主的国家格局，变为以族群为主。礼学开始从这时兴起，形成法律之外的伦理和习惯，国家要仰仗儒学来维持社会秩序。
从东汉到南北朝，中国文化又吸收了外来宗教的元素，并发展了自己的宗教系统。中国两大主流意识形态：儒家和道家，都是吸收阴阳五行之学，建构了宇宙论的形而上学。儒家推崇慎终追远的祖宗崇拜，道家推崇自然崇拜。这两个古老的信仰都没有完整的神学系统，也没有专业的神职人员组织。在信仰范畴内，既不具有任何独占性，也不排斥其他信仰。
世界混乱失序之时，人心不安。对于一般老百姓，亟需获得心灵依靠。而儒、道二家的道理过于高深，主要为知识分子的意识形态，因此形成的法律与制度可以规范社会，但不足以抚慰老百姓惊恐不安的心灵。外来信仰由此填补了此中的不足。东汉初期，中亚地区的袄教和“密特拉”教也经过丝绸之路流入中国。这些宗教都是启示性的，包含“劫世”观念和救世主的盼望，正好填补了中国传统五德（金木水火土）世运转移的观念。而儒道的包容，使外来宗教并未受到抵制，顺利进入中国，并启发了中国本土宗教的出现，如东汉末年，黄巾之乱时的“后世太平道”，“五斗米道”、“后世天师道”。 由此一般的平民也有了自己的信仰体系。
佛教在东汉初期进入中国，在南北朝得以普遍传播，一个重要的原因是五胡君主的支持。到了唐代，各种宗教各占据一定空间，其中本土的儒、道两家与外来的佛教呈三分天下之势。
西汉时期支撑天下体制的的重要三足中，政治已经衰变，文化重组，只剩下经济网络仍保持原貌，跨国的经济交流并没有停滞，维持着国家局面。总之，中国“分久必合”的历史规律，完全仰仗于经济交换网的持续存在，和中国人的儒道思想、家国观念的意识传承。
三国时代，蜀汉开发了羌地和南中；东吴占据着华中和华南；魏晋则在北方开拓东北和北方的资源和人力。南北朝时，北方人口南迁，胡汉之间逐渐融合，成为新的人口结构。北方和西北草原地带的资源，也流入了中国范围内。中国的疆域更大，开拓了更多可以生产的新地区，利用的资源也更为多样化。
东汉末年，匈奴余部迁入陕西美稷县，改游牧为农耕，成为“五胡乱华”的第一支力量。其首领改姓“刘”，自称是汉代和亲的后人，建立了汉赵。东北的鲜卑进入蒙古草原，然后入中国，建立了北魏。另一支最晚进入的鲜卑建立了后世的西夏。西北的氐和羌也建立了不同的国家。西域南部的羯人，建立了后赵，最终几乎被汉人灭绝。这些国家与当地汉人大族有对抗，有合作，吸收汉人的人才，沿袭中国制度治国。而君主称号也同时使用大单于和皇帝两个衔号，象征他们是二元的君主。
这些五胡建立的国家，在人口数量和文化水平上处于劣势，最终在北魏孝文帝时，被全盘汉化。同时被解散了部落，改族群为乡里，改汉姓，使用汉文，基本汉化了大多数胡人。同时，在东北边疆的“六镇”驻防部队，也因为长久居住北方而彻底胡化。“六镇”将领反攻中原后，建立了北齐和北周，经过数次胡化汉和汉化胡，最终全部汉化。后世隋、唐的皇室，就是北周六镇将领的后代。
从东汉末年到隋唐统一的四百年间，中国的人口基因库中添加了亚洲北支的匈奴、鲜卑、氐、羌、羯人，南方的百越、蛮、苗等原居民，西南部藏缅语系与南亚语系的原居民。同时期，也有一些汉人流入朝鲜半岛和日本的九州岛，南方的汉人也扩散到马来半岛和东南岛屿。这四百年，成为了东亚地区人种大融和的时代。
