MUMmer 4 是一个快速比对 DNA 或蛋白序列的软件，最常用的 program 就是 nucmer 和 promer，分别是比对核苷酸和氨基酸序列的，接下来以 nucmer 为例详细介绍。

安装

wget  https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.0rc1/mummer-4.0.0rc1.tar.gz

tar  -zxvf  mummer-4.0.0rc1.tar.gz

cd  mummer-4.0.0rc1

./configure  --prefix=/path/to/installation

make

make install

简单上手

取一个参考基因组 ref.fa，和另一个要与之比对的参考基因组 qry.fa 就可以上手进行比对了：

./nucmer -p <prefix> ref.fa qry.fa

上述命令，会生成如下文件：

<prefix>.delta

如果要查看比对的坐标，可以使用如下命令：

show-coords <prefix>.delta > <prefix>.coords

如果想要可视化，在安装了 gnuplot 的前提下，可以直接运行 perl 脚本 mummerplot，输入文件为第一步比对的结果文件：

./mummerplot -l <prefix>.delta

如果想要进一步了解该软件的使用，可以进一步阅读我写的其它分享；

序列比对软件 MUMmer 高级使用（二）

序列比对软件 MUMmer 结果文件解读（三）

序列比对软件 MUMmer 结果可读化处理（四）

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