生信入门的第一步就是要学会安装软件，但有些软件的安装和编译比较麻烦，这个时候就会怀念windows系统的方便。
根据生信技能树和菜鸟团里的介绍，linux系统也有这种自动式的安装软件的方式，因此，开始体验使用conda来安装软件。
安装
安装简单，只需要在服务器上运行即可
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 传送门：https://www.anaconda.com/products/individual
# 往下翻，选择64-Bit Graphical Installer
#安装软件
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
此时会在home目录下生成miniconda3的文件夹，并更新下环境变量。
注：如果安装后不想在终端前显示（base）
conda config --set auto_activate_base false
#在环境变量里添加这个可以启动conda
alias condaup='./software/miniconda3/bin/activate'
alias cd_conda='cd ./software/miniconda3/bin/'
使用
1.安装软件
conda install fastqc(软件名)
which fastqc 查看软件安装位置
conda list 可以查看已安装软件列表，conda默认安装软件的最新版本，如果想安装指定版本的某个软件，可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本。
星号标记的表示是已经安装的版本。要安装其他版本，输入：
conda install 软件名=版本号
这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
如果想要安装列表中的软件，可进入该软件的conda主页，比如cutadapt[https://anaconda.org/bioconda/cutadapt]
里面会告诉应该使用什么命令~
安装完后的软件在miniconda2文件夹里面的pkgs文件夹下面。
2.添加&删除channels
conda config --add channels
查看已经添加的channels
conda config --get channels
conda config --remove channels
#添加镜像
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
#显示已添加的源镜像地址
conda config --set show_channel_urls yes
3.更新
conda update conda
4.卸载指定软件：
conda remove 软件名
5.激活，调用
source activate 软件名 #把目录添加进环境变量
source deactivate #从环境变量里面 删去
6.查看conda环境
conda info -e
例子：
snakemake安装
安装snakemake，snakemake已经整理成Python包，可以直接使用pip进行安装，不过需要的Python3的环境，利用conda进行安装：
conda create --name Py3 python==3.5
source activate Py3
# 这里的pip是指pip3
pip install snakemake
试试snakemake -h看看安装成功没有？
conda create -n python3 python=3.6 #创建一个python3的环境
conda env list #查看环境
conda activate python3 #激活
conda deactivate #跳出此环境
conda update python #更新某个软件
conda list #查看已安装软件
conda remove python #卸载指定软件
conda install gatk=3.7
但是可能网络会不太好，可能需要多几次进行安装。
总体的体验挺好~
参考：
用Miniconda，Bioconda来安装常见的生物信息学软件 | 生信菜鸟团 [http://www.bio-info-trainee.com/1906.html]；
