Linux下软件安装
wget 链接(复制 .sh脚本) 下载安装包
bash .sh 安装脚本 按enter或输入yes 按q 或者空格 退出more命令显示的协议
输入yes 回车 接受协议
再回车 默认安装在家目录
yes 初始化
- 下载Miniconda3
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh - 安装
bash https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh - 安装后重新激活环境
source ~ /. bashrc source . bashrc - 配置镜像源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes - 查看配置结果
cat ~/.condarc - 调用帮助文档
conda --help - 创建小环境
conda create -y -n rnaseq python=3 (-y参数,不提示,创建名为rnaseq的conda环境) - 查看当前conda环境
conda info -e - 每次运行前,激活创建的小环境
conda activate rnaseq - 退出小环境
conda deactivate - 在小环境中安装软件
conda install fastqc - 调出帮助文档
fastqc --help