MarioDiego

最近微信群有小伙伴抛出这样一张图，是一个细胞通讯LR气泡图，确切的说应该是Cellchat结果的可视化。我一看这不就是用Cellchat做的嘛。没什么难度，做一下！这个相比于...

MarioDiego

1.利用箱线图比较两类样本的某个细胞比例差异 比较直观，但是缺点在于如果单细胞样本个数过少且异质性大，导致很难有统计学显著意义 2.R o/e 比值 好多文章都有用这个，我的...

MarioDiego

使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...

MarioDiego

1 亚群合并 当有几类亚群同属于某类细胞时，比如CD4+ T细胞和CD8+ T细胞均属于T细胞，想要将他们合并在一起时，可以使用此代码。 推荐使用第二种方法，这样不更改原始亚...

MarioDiego

练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...

MarioDiego

此教程展示了使用 scVelo 分析存储在 Seurat 对象中的 RNA 速率值。如果您在工作中使用 scVelo，请引用下文： Generalizing RNA velo...

MarioDiego

通过动力学建模将RNA速率推广到瞬时细胞状态 RNA速率开辟了利用scRNA测序数据研究细胞分化的新途径。RNA速率基于剪接和非剪接mRNA的比率描述了在一个给定时间点上，一...

MarioDiego

文章题目：Single-cell analyses define a continuum of cell state and composition changes in t...

MarioDiego

CNV(Copy number variation, 拷贝数变异)，也称CNP(copy—number polymorphism，拷贝数目多态)，是由于基因组发生重排而导致的...

MarioDiego

说在前面 我们在前面通过3篇推文介绍了张泽民老师的系列研究成果张泽民老师系列文章解读(一)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...

MarioDiego

开工了，到了我们上班的时间了，刚开始，我们来分享一些新出现的方法，看看方法上有哪些更新，我们虽然做不了潮流的引领者，但是要跟随潮流，保证自己不被时代抛弃，今天分享的文献在Co...

MarioDiego

scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...

MarioDiego

RNA velocity原理此前已经介绍过，参考单细胞测序的轨迹推断[https://www.jianshu.com/p/83c532234dc0]。 1. loom文件准备...

MarioDiego

好久没更新了，上来小编得写一个有分量的推文暖暖场。其实细想一下，不能全归因于平时太忙（还是太懒了），因为最近看到其它很多小伙伴做的很好且都在不断更新。其实抽出时间写一写推文对...

MarioDiego

Cell2location 是一个原则性的贝叶斯模型，它可以解析空间转录数据中的细胞类型，并创建不同组织的全面细胞图。Cell2location 解释了变异的技术来源，并借用...

MarioDiego

欢迎关注同名公主号：BBio 流程包括单切片的基本分析、scRNA整合、多切片整合。 参考：https://satijalab.org/seurat/articles/spa...

MarioDiego

hello，大家好，雾霾天就适合写写东西，放松一下，今天我们来分享一下运用10X空间转录组识别免疫细胞生态位的内容，关于空间转录组识别生态位的内容，我也分享了很多了，欢迎大家...

MarioDiego

主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...