请问pbmc.markers 是通过findmarkers函数找的嘛
【R画图学习13.4】散点图---单细胞不同亚群火山图下面这个图是我在单细胞相关文章中见过的，也算是火山图的变种。可以看出X轴是不同的细胞类型，Y轴是marker基因的fold change（log2）,但是不同类别之间他们是不...
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博主，您好！请问如果针对celltype来画轨迹分析，想对每种细胞类型进行颜色指定，那要咋弄呢
【单细胞】ggplot2美化monocle2轨迹展示结果
前面测试过monocle2/3，但是在画图的时候，尤其是用默认软件画图的时候总是觉得不够好看。比如下面这个paper中的数据（https://pubmed.ncbi.nlm....
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【单细胞】ggplot2美化monocle2轨迹展示结果前面测试过monocle2/3，但是在画图的时候，尤其是用默认软件画图的时候总是觉得不够好看。比如下面这个paper中的数据（https://pubmed.ncbi.nlm....
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请问怎么做细胞比例的正态性检验呢？选择t检验之前得先满足正态吧
跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化
今天接着单细胞文章的内容： 从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&...
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您好，有个问题想请教一下，为什么您kegg输出的数据框里第一簇GeneRatio分母为91，最开始输入的我看是96来着
scRNA-Seq | 各个cluster top100 marker基因富集分析
据说，多种R包可以绘制雷达图，对ggplot系列函数熟悉的小伙伴可以选择ggradar和echarts4r。fmsb和radarchart也同样能实现你的需求 下面，从单细胞...
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那富集分析用的差异基因是怎样得到呢？得选取一个对照细胞簇才能获得吧，这个簇选择的标准是什么呢
单细胞分析实录(14): 细胞类型注释的另一种思路 — CellID
之前写过一篇细胞类型注释的推文：单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释[https://www.jianshu.com/p/1887dbd8d9e4]，里面介绍了...
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对数据进行两次scaledata，不会有影响吗？不会进一步缩放了数据吗
🤫 Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（细胞周期的影响去除）（三）
写在前面 在scRNAseq数据中，不同细胞处在不同细胞周期，如果不进行异质性校正的话，会对结果有很大的影响。🤨常用的方法是根据经典的细胞周期基因进行评分，即cell cyc...
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@黄甫一 大神，还有个问题想请教一下可以吗？使用去除双细胞后的多样本数据harmony后进行聚类分析时，还需要再归一化、标准化那些处理吗？
结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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@黄甫一 好的好的，谢谢您！所以说去除双细胞时进行的归一化＋降维啥的不会影响后续质控指标ncount、nfeature、mtpercent哈？
结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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您好，请问可以把去除双细胞放在质控第一步（也就是ncount、nfeature、mtpercent调整之前）吗？这样去除双细胞前直接进行的归一化＋降维会影响后续质控其他指标如ncount、nfeature、mtpercent吗
结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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请问对gene作pca,如果样本很多，标签重叠了怎么调呢
主成分分析-PCA图的优化（R语言）
R语言的主成分分析（PCA）详解和带聚类的PCA图绘制 最近有个老师在整理文章数据，由于分组较多，想展示PCA图，说明不同分组的差异，公司默认给出的PCA图比较朴素，想做的好...
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有啥原因会使得最终亚群个数不一样吗
scRNA基础分析-4：细胞亚类再聚类、注释
scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤质控 - 简书 scRNA基础分析-2：降维与聚类 - 简书 scRNA基础分析-3：鉴定细胞类型 - 简书 scRNA基...
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您好，我在不同的文献里看到他们对同类组织中一种细胞类型进行亚群再聚类后，所得到的亚群个数不一样，这是为啥呢？
scRNA基础分析-4：细胞亚类再聚类、注释
scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤质控 - 简书 scRNA基础分析-2：降维与聚类 - 简书 scRNA基础分析-3：鉴定细胞类型 - 简书 scRNA基...
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GO，KEGG，DO富集分析这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
