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在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函数...

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作者，Evil Genius 看到最近的反馈，大家似乎对相亲的事情很感兴趣啊，😄，但是大家别光顾笑啊，女孩子想想自己30多岁会不会也是这样，男孩子30多了想想遇到这样的女人该...

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作者,Evil Genius 新的一年,对于单细胞空间来讲,一开始就是被Visium HD抢走了风头,各个公司的推文铺天盖地而来,我的第一反应是,华大空间平台问世的时候,国内...

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下面这个图是我在单细胞相关文章中见过的，也算是火山图的变种。可以看出X轴是不同的细胞类型，Y轴是marker基因的fold change（log2）,但是不同类别之间他们是不...

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单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...

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什么是拟时序分析？拟时序（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。我...

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有人可能会说：单细胞分析使用Seurat，monocle等R包会更加方便。但是实际分析中,测试情况是当细胞量大于5万时。一般小型服务器内存很容易不足，这时候请不要过多尝试使用...

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本期内容已同步分享至单细胞天地 细胞通讯是指细胞与细胞之间的联系。细胞和人类一样，多细胞生物的很多细胞会相互作用，形成“细胞社会”，在这个社会里，细胞与细胞之间会发生相互作用...

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CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析 加载所需的包[#load-the-required-libraries] 创建目录以保存图...

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我在前面也分享过几篇关于WGCNA的帖子，其实WGCNA本身就是对基因进行了加权共表达，合理分组的结果。 如果对于一个表达量矩阵，本身就至于2个分组，WT和处理，那么简单的差...

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Seurat4.0系列教程告一段落，但这决不是终点。这个系列教程是给大家打开一扇窗，让大家知道Seurat4.0有这些功能可用，少走弯路。后续还要自己深入研究。学，然后知不足...

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scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）[https://www.jianshu.com/p/90ccb3d24322]scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进...

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本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...

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写在前面 天气开始暖和了☀️，发现旅游的人好多啊！~🥲 不知道自己什么时候能有时间出去看看外面的世界，实在是太忙了。😷 最近用到的有个包感觉很不错，分享给大家，funkyhe...

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从这个系列开始，师兄就带着大家从各大顶级期刊中的Figuer入手，从仿照别人的作图风格到最后实现自己游刃有余的套用在自己的分析数据上！这一系列绝对是高质量！还不赶紧点赞+在看...

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部分代码参考自10x genomics官网[what-is-cell-ranger-atac]，但绝大多数代码融入了我自己的思考 1、上游分析（软件安装 + 数据获取 + c...