在linux服务器上使用R语言及Rstudio servercat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本 R 程序包获取查看最新版本的下载链接，使用w...
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linux服务器安装R语言及Rstudio server
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Linux下miniconda的安装使用
Anaconda与Miniconda的区别 Anaconda是一个打包的集合器皿，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，所以...
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linux031 使用源代码安装生信软件
源码的安装一般由3个步骤组成：配置(configure)、编译(make)、安装(make install)。Configure是一个可执行脚本，它有很多选项，在待安装的源码...
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Mac下用aspera上传重测序数据遇到的坑
关于Mac aspera的问题，困扰了几个月。 1.没有此目录 解决办法：添加环境变量 2.string not in pwd 找了很久，这样可以解决： /Users/app...
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再肝一个R包！一行代码绘制精美火山图！一行代码绘制火山图的R包诞生了！在过去的一年中，师兄先后生信绘图系列和高分SCI复现系列中更新了多种不同的火山图的绘制方法，包括普通的火山图、渐变火山图、以及包含GO通路信息...
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基因家族的定义和寻找(转载)
什么是一个基因家族呢？ 由一个共同的祖先基因经过重复(duplication)和突变(mutation)产生的、外显子中具有相似的序列的一组相关基因被称为基因家族(gene ...
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【生信基础】深入理解FPKM/TPM，只有GTF文件如何将count转为FPKM/TPM相信学习生信的小伙伴不难发现，在定量的时候大多的文章或者公司的结果都有这几种定量的方式：FPKM（RPKM），TPM，CPM(RPM)还有count等等，这些究竟该如何使用，...
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【生信实战】最详细的非模式物种的GO/KEGG富集分析全攻略
有时候不得不感慨，时间已经来到了2024年的尾声，但是对于许多非模式的物种来说，各种工具、数据集、参考等等依然还在寒冬。今天带大家手动的构建属于小众物种的富集分析全攻略。 1...
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如何把从TCGA下载的HTseq count转换成FPKM如果你下载了TCGA数据库里的count数据，想把它转换成FPKM应该怎么做呢？参考文章：１．Htseq Count To Fpkm ２．【原创】R语言实战：read cou...
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pheatmap 相关性热图 基因表达量热图热图 热图概念：热图是一个以颜色变化来显示数据的矩阵，可以简单地聚合大量数据，并使用一种渐进的色带直观地展现空间数据的相对大小。 热图在生物学中的应用：生物学中热图经常用于展...
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ChIP-seq基础入门理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不...
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R语言笔记——'org.Hs.eg.db'脱坑记录
R语言笔记——'org.Hs.eg.db'脱坑记录 'org.Hs.eg.db'是发布在bioconductor平台上面的一个数据库文件，该包中装有较多的主流数据资料文件，但...
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SRA Toolkit安装、配置及使用SRA（Sequence Read Archive）数据库是用于存储二代测序的原始数据的数据库。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 ...
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画个GO/KEGG富集图有多简单clusterProfiler包做富集分析后，可直接使用配套的可视化函数展示结果，最常见的形式有barplot、dotplot。网上有很多相关的推文，今天咱来说点不一样的...
