写在前面 进行这部分重复序列提取和注释，主要是为了屏蔽基因组的重复序列，以保证后面基因结构注释的准确性。大致的流程如下：1.首先使用RepeatModler对组装好的基因组进...
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基因组注释01# | 重复序列注释（RepeatModler+RepeatMasker） -
基于参考基因组的基因组组装和注释
将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或同一物种的基因组染色体同源性进...
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三代pacbio hifi序列基因组组装与去冗余
1. bam2fasta -o xx.ccs.bam 2.hifiasm -o xjg04 -t 50 --hg-size 1.5g xjg.hifi.original.fa...
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单细胞差异基因炫酷展示：南丁格尔玫瑰图（鸡冠花图）这个图分别选取了两组差异基因相比上调与下调的基因来进行绘图。简言之，展示了每一个出现在差异基因表中的差异基因在不同celltype中共表达的情况，每一格代表一个celltyp...
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堆积柱状图及3D饼状图绘制2023-07-30library(xlsx) data<- read.xlsx('G:/.xlsx',1) #宽数据变长数据 library(tidyverse) dflong<-pivot_...
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Seurat单细胞转录组整合流程（SCTransform标准化）转自西湖小明的帖子可直接用的Seurat单细胞转录组整合（去批次）流程，最新版整理 [https://www.jianshu.com/p/ed2eb7b5724e] 整理了一...
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R-Seurat单细胞数据分析流程Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]创建Seurat对象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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linux服务器安装R语言及Rstudio server
在linux服务器上使用R语言及Rstudio servercat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本 R 程序包获取查看最新版本的下载链接，使用w...
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Linux下miniconda的安装使用
Anaconda与Miniconda的区别 Anaconda是一个打包的集合器皿，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，所以...
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linux031 使用源代码安装生信软件
源码的安装一般由3个步骤组成：配置(configure)、编译(make)、安装(make install)。Configure是一个可执行脚本，它有很多选项，在待安装的源码...
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Mac下用aspera上传重测序数据遇到的坑
关于Mac aspera的问题，困扰了几个月。 1.没有此目录 解决办法：添加环境变量 2.string not in pwd 找了很久，这样可以解决： /Users/app...
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再肝一个R包！一行代码绘制精美火山图！一行代码绘制火山图的R包诞生了！在过去的一年中，师兄先后生信绘图系列和高分SCI复现系列中更新了多种不同的火山图的绘制方法，包括普通的火山图、渐变火山图、以及包含GO通路信息...
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基因家族的定义和寻找(转载)
什么是一个基因家族呢？ 由一个共同的祖先基因经过重复(duplication)和突变(mutation)产生的、外显子中具有相似的序列的一组相关基因被称为基因家族(gene ...
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【生信基础】深入理解FPKM/TPM，只有GTF文件如何将count转为FPKM/TPM相信学习生信的小伙伴不难发现，在定量的时候大多的文章或者公司的结果都有这几种定量的方式：FPKM（RPKM），TPM，CPM(RPM)还有count等等，这些究竟该如何使用，...
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【生信实战】最详细的非模式物种的GO/KEGG富集分析全攻略
有时候不得不感慨，时间已经来到了2024年的尾声，但是对于许多非模式的物种来说，各种工具、数据集、参考等等依然还在寒冬。今天带大家手动的构建属于小众物种的富集分析全攻略。 1...
