该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs和overlaps。相对于另一...
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使用Purge_dups去冗余序列
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InterProScan 最强基因功能注释软件 - 最简流程代码参考官方文档，目前 Interproscan 本地版几乎免安装，自带数据库，使用简单。 下载与安装 跳转到软件放置目录 注意到软件依赖 Java11 或者以上 使用软件 蛋白...
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Interproscan 安装教程及运行报错解决
解决问题：interproscan 软件 在Linux中配置（个人经验，仅供参考~） 提示：安装的版本是interproscan-5.55-88.0-64-bit 一、参考文...
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interproscan 安装及运行错误调试
interproscan interproscan 是个基因注释工具，可以一次运行实现多个数据库的注释。用户既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列，还可以对输出格式进行设置。 ...
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ASE （等位基因特异性表达）—— ASEReadCounter在遗传时，父本和母本等位基因的调控和表达不均，这被称为等位基因特异性表达（ASE，allele-specific expression analysis）。表现为基因转录出的...
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我也遇到了，请问最后是怎么解决的
跟着Bioinformatics学数据分析:StainedGlass可视化展示基因组水平上的tandem repeat
论文 StainedGlass: interactive visualization of massive tandem repeat structures with ide...
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文献解读：同源四倍体马铃薯单倍型基因组文献 2022 Molecular Plant Genome architecture and tetrasomic inheritance of autotetraploi...
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生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmer...
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第十七章 基因组注释
蛋白编码基因的注释 输入文件的准备 注释要注意基因组数据完整性和连续性，评估组装质量，这决定着注释结果的质量和准确性 需要以蛋白质序列、表达序列标签 (EST)、全长转录本序...
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基因家族扩张收缩分析- OrthoFinder聚类基因家族1. Summary 基因家族扩张收缩分析可细分为六部分： 获取每个基因对应的最长编码区转录本 OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族...
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精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用邀请并收到一位「GSAman」用户的稿件，非常详尽且实在。相信这份推文可以为一些做功能基因组方面工作的朋友，提供实用参考。 -- CJ-陈程杰 前言 随着测序技术的进步和普及...
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EVidenceModeler(EVM)流程做基因组注释简单小例子
首先是安装这个流程，试了一下可以使用conda进行安装 安装好以后很多perl脚本是在 anaconda3/envs/EVM/opt/evidencemodeler-2.1....
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基因组注释学习(一)----重复序列屏蔽
基因组组装完成后，需要对基因组进行注释。对于高等真核生物，由于重复序列占了相当大的比例，会影响基因预测的质量，也会带来不必要的资源消耗。因此在基因预测前，首先要检测并屏蔽基因...
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利用三代转录本升级基因组注释（gff3）因为课题需要，我们在前期组装了一个基因组并进行了注释，但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，...
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「基因组」着丝粒和端粒鉴定软件
最近状态不佳，连续两件事情做的时候只想到了一半，做了又等于没做，都成了自己预想的最差的结果，要想做到最佳，只有重做，现在浪费时间结果不合适等于白做。一心多用，今天白搞一下午，...
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Repeatmodeler+EDTA+homology-based库屏蔽重复序列
1. repeatmodeler 2. EDTA 3. 下载homology-based库 4. repeatmasker
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用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征+用Smudgeplot估计倍性（全文约3500字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+Genome...
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jellyfish:快速计算kmer分布
欢迎关注"生信修炼手册"！ jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布，它运行速度快，内存消耗低，支持并行，是最常用的kmer统计软件之一。 官网如下： http:...
