该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs和overlaps。相对于另一...
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使用Purge_dups去冗余序列
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InterProScan 最强基因功能注释软件 - 最简流程代码参考官方文档，目前 Interproscan 本地版几乎免安装，自带数据库，使用简单。 下载与安装 跳转到软件放置目录 注意到软件依赖 Java11 或者以上 使用软件 蛋白...
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Interproscan 安装教程及运行报错解决
解决问题：interproscan 软件 在Linux中配置（个人经验，仅供参考~） 提示：安装的版本是interproscan-5.55-88.0-64-bit 一、参考文...
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interproscan 安装及运行错误调试
interproscan interproscan 是个基因注释工具，可以一次运行实现多个数据库的注释。用户既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列，还可以对输出格式进行设置。 ...
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ASE （等位基因特异性表达）—— ASEReadCounter在遗传时，父本和母本等位基因的调控和表达不均，这被称为等位基因特异性表达（ASE，allele-specific expression analysis）。表现为基因转录出的...
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文献解读：同源四倍体马铃薯单倍型基因组文献 2022 Molecular Plant Genome architecture and tetrasomic inheritance of autotetraploi...
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生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmer...
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第十七章 基因组注释
蛋白编码基因的注释 输入文件的准备 注释要注意基因组数据完整性和连续性，评估组装质量，这决定着注释结果的质量和准确性 需要以蛋白质序列、表达序列标签 (EST)、全长转录本序...
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基因家族扩张收缩分析- OrthoFinder聚类基因家族1. Summary 基因家族扩张收缩分析可细分为六部分： 获取每个基因对应的最长编码区转录本 OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族...
