整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 当我们需要评估ChIP-seq类测序数据的相关性时，deeptools[...
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IP属地：河南
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使用deeptools计算ChIP-seq样本之间的相关性 -
ChIP-seq实践（非转录因子，非组蛋白）在实战之前，首先对CHIP-seq分析做一些了解，以下是从各个地方copy过来综合起来的，有些散乱，是我认为重要以及应该了解的知识点。chip-seq 实战就跟在转录组和外显...
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软件9 —— MACS2
一、 基本介绍 ※ 峰识别（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（适用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（针对于ATAC-seq...
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macs2MACS的自述文件（2.1.2） 运行 结果 介绍 随着测序技术的改进，染色质免疫沉淀，然后进行高通量测序（ChIP-Seq）越来越受欢迎研究全基因组蛋白质-DNA相互作用。...
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【小工具】智能合并测序数据fastq的脚本
介绍： 这是一个可以自动合并数据的简易脚本 应用场景： 有一批数据有三十几个样本,测序公司返回数据时由于数据量不达标，需要加测一次，部分样本数据量还是不够, 又加测一次才够，...
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【PPT锦囊讲解29】【折线图】告诉你趋势的折线图的高阶玩法今天为大家讲解锦囊29，用折线图表示大趋势！ Step 1：制作标题 1⃣️新建PPT，版式空白 2⃣️插入文本“业务部A员工2015年全年汽车销售情况”，【字号】-【36】...
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<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fhmyh1202" target="_blank">https://github.com/hmyh1202</a>
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Intervene: BED文件的intersect和绘制韦恩图一、背景介绍 通常，BED文件的overlap/intersect的操作，可以BEDtools intersect功能完成overlap和统计：Bedtolols inter...
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表观组学：call peak概念和MACS2算法原理，最简明清晰的call peak一文通在诸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我们常常听到一个词Call Peak。Call Peak究竟是什么东西，得到的结果又...
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关于测序数据大小问题
基本概念 我们一般说的测序数据，比方说 6G 的测序数据，这个G代表的是 Gbase，而非文件大小 GB（gigabyte)Gbase 代表的是碱基数量，即测序文件（A,T,...
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个人记录而已，不盈利，不保证对错，不回简信
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bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以对两个基因组特征 (genomic features) 进行overlap，找到两者重合的区域。比如求两个peaks的交集，或者看很多...
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bedtools intersect简单介绍整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 一般而言，我们获得了MACS的peak calling结果时，我们会想探...
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去除空白行和na，duplicate 'row.names'的处理去除空白行 去除na行 同时去除两者 想要给数据重新命名，但是有的行具有重复值即：多个探针ID对应一个同一个基因。目的：为了去掉这些重复的基因，将数据处理成每一行为不重复的基...
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【避坑】R报错 lazy-load database is corrupt文章很短，你扫一眼就看完了。 今天尝试复现词云图的时候，需要用到R包tm（Text Mining），死活装不上，无奈打算使出杀手锏——安装R包的二进制版本。 没想到在我lib...
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我的ChIP-Seq(5): peaks注释
注释一般有以下几种方法，但是一般经验有： 1.比对时下载UCSC格式的参考基因组，后续操作障碍少2.数据准备要严格按照软件的说明，若遇到格式正确就是读不进的情况，试试dos2...
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跟着官方文档来看看GRanges这个对象刘小泽写于2020.8.5今天跟着官方文档来看看GRanges这个对象 1 前言 内容来自：https://bioconductor.org/packages/release...
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学习一下ChIPpeakAnno(一)刘小泽写于19.10.11跟着Bioconductor的教程学习一下ChIPpeakAnno的基本流程 前言 官网教程在：https://www.bioconductor.o...
