生物信息学
IP属地：澳门
-
R绘制火山图 EnhancedVolcano+ggplot什么是火山图？ 火山图其实是一种很形象的叫法，它可以通过关注对象的落点从而直观地展示该对象的所属区域。其通常用于展示差异结果，比如RNA-seq差异基因展示。读懂了“火山”火...
-
snpEff使用说明（上）-了解及创建SnpEff注释数据库SnpEff是一款注释变异位点（SNP+InDel+MNP）和预测变异对基因的影响（例如氨基酸变化）的工具。 用法： 输入文件：输入是变异位点（SNP，插入，缺失和MNP）的...
-
跟着Nature学作图：R语言ggplot2散点栅格化能够减小输出pdf的文件大小论文 A saturated map of common genetic variants associated with human height https://www....
-
如何在MAC M1芯片上安装R的Bioconductor包苹果的m1芯片已经出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同学也是用上了新的macbook，m1芯片的优点我们已经有目共睹。虽然新版本的R的新版本和cran上的标准包如g...
-
数据提取及ggplot2画图
以CLL数据包为例： 1、提取所需数据 2、安装注释包 3、探索探针与基因symbol的对应关系 4、对数据进行筛选，去重： 5、选择对应的数据作图(基础作图)： 6、ggp...
-
R语言基础入门(3) select选择列的方法从基础到高级前面的2节介绍了数据的格式转换宽表转长表函数pivot_longer以及行过滤函数filter( )今天来继续介绍列选择函数select( )的使用 选择列:基础 要选择几列...
-
Seurat官方教程1 | 整合受刺激与对照PBMC数据集整合受刺激与对照PBMC数据集，以了解细胞类型特异性反应 教程背景 本教程介绍了康等人在2017年提出的两组pbmc。本实验将PBMCs分为受刺激组和对照组，受刺激组给予干扰...
-
外泌体多组学03-scMappR包：制造signature matrix老规矩，推荐大家看官网，资料： 官网scMappR：https://cran.r-project.org/web/packages/scMappR/vignettes/scM...
-
单细胞转录组学习笔记-13-差异分析及KEGG注释简介
刘小泽写于19.8.7-第二单元最后一讲：差异分析及KEGG注释简介笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http:...
-
单细胞交响乐21-实战四 批量处理并整合多个10X PBMC数据刘小泽写于2020.7.19为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单...
-
单细胞交响乐31-实战十四 10X HCA计划的38万骨髓细胞刘小泽写于2020.7.22为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单...
-
单细胞两个数据集之间的比较：scmap1 Introduction 随着越来越多的scRNA-seq数据集的产生，在它们之间进行比较就显得非常关键。一个核心的应用是比较不同实验室收集的类似生物来源的数据集，以确保...
-
-
seurat-ScaleData()源码解析一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
-
单细胞交响乐3-scRNA的细胞质控刘小泽写于19.12.3-4 ，更新于2020-06-26为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-理解scRNA常用的数据结...
-
完整的单细胞分析流程——理解你的单细胞分析之数据结构背景介绍 Bioconductor项目的主要优势之一在于使用通用数据基础结构，该数据基础结构可实现跨越R包的相互操作性。 用户应该能够使用来自不同Bioconductor软件...
-
小洁详解《R数据科学》第16章 Purrr下
4 for循环与函数式编程 用for循环计算每列的均值 书中给出一个奇怪的例子来说明函数组合 将函数作为参数传入另一个函数 5.映射函数-map 这是一个强大的函数族,直接返...
-
使用scran分析单细胞数据官网教程：Scran1.20.1（最新）[https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/scran/ins...
-
单细胞交响乐10-数据集整合后的批次矫正刘小泽写于2020.7.7为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单细...