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冗余分析（RDA）——R包vegan从概念上讲，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是响应变量矩阵与解释变量矩阵之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA分析，也是多响应变量（multi-...
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@Wei_Sun https://mp.weixin.qq.com/s/_ajDJhie-teLVfNW9Rfbhg 哈哈哈哈，这个是最近发的杨树的用这种方法 我现在基因组和群体都做完了，写完了，现在就是要想用这个方法做点数据投一个生态的文章。。哈哈
GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清单，也许以后有新的方法或者...
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https://mp.weixin.qq.com/s/IK0KqwIZ3i8K0lzpOUfORQ大哥这是野生大豆用的LMFF和RDA
这种方法GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清单，也许以后有新的方法或者...
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GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清单，也许以后有新的方法或者...
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大哥，能出一个lfmm群体关联的用法么？
GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清单，也许以后有新的方法或者...
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GWAS全基因组关联分析全流程
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完，从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法，加起来也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清单，也许以后有新的方法或者...
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一、从NCBI中下载SRA数据 | 转录组上游分析教程系列前言： 我发现有些童鞋在回复关键词时，如果没有得到对应的回复内容，也许是你输入的关键词错误了，请你重新输入即可。我这里都是按进准匹配进行回复的，目前主要是按我发内容的时间作为...
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2022-04-14两个基因组间鉴定结果SV和SNP变异
###01.序列比对 nohup nucmer --mum -c 100 -l 50 -g 1000 -t 12 $ref $qry &> step1.log & #--mi...
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咱们这部分，只使用LTRharverst和LTR_FINDER来做，不加MGEScan_LTR，得到的数据做分析，如果审稿人问，怎么好回答？ 或者有相关的使用文献？另外，接下来的插入时间分析，可以直接用咱们这部分的数据么？
LTR_retriever: 一个更加准的LTR整合分析工具
背景篇 在植物基因组中，I类转座因子，LTR-RT(LTR retrotransposons)是基因组扩张的主要原因。完整的LTR长度在85~5000 bp之间，下图图A表示...
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咱们LTR_retriever部分，只使用LTRharverst和LTR_FINDER来做，不加MGEScan_LTR，得到的数据做分析，如果审稿人问，怎么好回答？ 或者有相关的使用文献？另外，接下来的插入时间分析，可以直接用咱们这部分的数据么？
LTR_retriever | LTR整合分析工具
Transposable elements (TEs) are ubiquitous interspersed repeats in most sequenced eukar...
