###01.序列比对
nohup nucmer --mum -c 100 -l 50 -g 1000 -t 12 $ref $qry &> step1.log &
#--mincluster/-c 用于聚类的匹配最低长度，默认65
#--minmatch/-l 单个匹配最小长度
#--maxgap/-g: 两个相邻匹配间的最大gap长度，默认90
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--mum Use anchor matches that are unique in both the reference and query 或者 --maxmatch Use all anchor matches regardless of their uniqueness
同时比对也可以用minimap2等软件完成
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###02.去除短的和低质量比对
delta-filter -1 -q -r -i 89 -l 50 out.delta > out.filter
#-1: 1对1联配，允许重排，是-r和-q的交集
#-q: 仅保留每个query在reference上的最佳位置,允许多条query在reference上重叠
#-r: 仅保留每个reference在query上的最佳位置,允许多条reference在query上重叠
##-i: 最小的相似度 [0,100], 默认0
##-l: 最小的匹配长度 默认0.
#-u: 最小的联配唯一度 [0,100], 默认0
#-o: 最大重叠度，针对-r和-q设置。 [0,100], 默认100
#-g: 1对1全局匹配，不允许重排
#-m: 多对对联配，允许重排，是-r和-q的合集
###03.比对结果转成表格格式
show-coords -THrd out.filter > out.filter.coords
#-r：以refID排序，相对的，还有-q，以queryID排序
#-T: Switch output to tab-delimited format
#-H: Do not print the output header
#-d 在附加的 FROM 列中显示对齐方向（引物的默认值）
###04.运行syri进行变异检测
syri -c out.filter.coords -d out.filter -r $ref -q $qry
# 输入mummer coords文件，记录共线性块位置信息
# 输入mummer delta文件，记录共线性区块内错配，插入，删除等信息；即SNP和indel信息。
# refence路径
# query路径
###05.绘图
syri plotsr syri.out $ref $qry -H 8 -W 5
