今天推荐给大家一个R包WGCNA，针对我们的表达谱数据进行分析。 简单介绍：WGCNA首先假定基因网络服从无尺度分布，并定义基因共表达相关矩阵、基因网络形成的邻接函数，然后计...
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基因共表达网络分析-WGCNA
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R语言配色方案: Colors in R前言：巧妙的色彩搭配，能够绘制出更具审美价值的图片，令人耳目一新。本文主要讲解比较受欢迎的R包配色方案。 （一）：RColorBrewer 包 调色板有3种类型：连续型调色板...
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R语言ggplot2作图的两套配色方案备选第一个 在邮箱看到了苹果的广告邮件，这个HomePod mini是啥产品不太清楚，音响吗？这个不管了，啥产品自己也买不起 哈哈哈，第一眼见到感觉配色确实很好看，如果应用到我们...
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方差分析为什么要检验数据分布和方差齐次？
如果两组数据，我们仅仅比较他们的平均数有什么用呢？我们实际想做的是：这两组数据所表达的意思相差有多远，这不仅仅包括平均数，但是我们能做的，分析的有限，所以我们要保证各组数据是...
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RNA-seq 分析流程 —— 概述前言 接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种： short-read long-read direct ...
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全转录组关联分析TWAS的原理与方法
作者：Resther审稿：童蒙编辑：angelica 什么是TWAS 对GWAS（genome-wide association study, 全基因组关联分析）大家应该比较...
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学习笔记| RNA-seq之biomart基因注释biomart是一个R package，能够完成基因注释的工作。在我得到差异表达基因之后，可以直接使用该包直接注释。 网络上许多代码已经过时，特此更新用法。 1 安装 2 p...
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关于用R语言绘图中文无法显示问题
Mac版本的Rstudio在绘图时经常会出现图形中中文无法显示的问题，通过总结了一些日常遇到的情况，分享一下我日常的解决办法。主要针对以下两种场景，有下列解决方法。 第一种：...
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关注：生物统计，数量遗传，混合线性模型，生物信息，R，Perl，Python，GWAS，GS相关方法，文章及代码<br>
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遗传分化指数(Fst)的计算
在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种，较为常见的就是遗传分化指数（Fst），fst是由F统计量演变而来，F统计量主要有三种（FIS，FIF，FST）。Fst...
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动物、植物、水产、林木等方向，计算育种值、配合力、遗传力、遗传相关等遗传参数评估。
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学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
