生信小白一枚，我不是牛人，我只是一头开荒牛，希望大家能在我的学习基础上更进一步，共同提高！
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单细胞之轨迹分析-5：slingshot轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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R Package Scissor 学习笔记简介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，这是一种新颖的单细胞数据分析方法。利用批量（bulk）表型从单细胞测序(scRNA-se...
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GWAS分析-说人话（15）- 如何查看SNP所在的基因前言 当我们获得一堆“感兴趣”/“有意义”的SNPs之后， 怎样知道这些SNPs所在的基因呢？ 不要告诉我一个一个在pubmed查就好～ 我们需要知道Plink哪个参数可以帮...
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孟德尔随机化推断暴露因素与健康结局的因果关系1. 孟德尔随机化方法 传统观察性流行病学研究在发现疾病病因以及因果推断中存在诸多挑战，比如反向因果关联、潜在混杂因素、微效暴露因素以及多重检验等，当研究者诉诸于随机对照试验...
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MTAG(multi-trait analysis of GWAS)又开始一个新的软件啦，大家是否有需要的？可以同一人群的不同trait做。咱们就开始吧~官网地址：URLs. MTAG software is available at htt...
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生信笔记5-GWAS与eQTL引言 GWAS与eQTL都是用于研究基因位点与表型之间关系的手段，彼此之间存在很多的区别与联系。 GWAS 全基因组关联分析（Genome Wide Association ...
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群体遗传分析—LD连锁不平衡本文转载于百迈克云(https://www.sohu.com/a/234594093_761120) 在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的...
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WGS全基因组分析||VCFTOOLS使用
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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最全bcftools使用说明--只看本文就够了1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式，并能自动检测输入的格...
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conda 从入门到精通
conda是最常用的软件安装工具之一。conda能够解决程序依赖问题，可以快速的安装各种软件，把我们从安装软件的大坑中解放出来。 1. 查看conda的环境配置 conda有...
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生物信息说人话系列-GWAS分析
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GWAS分析-说人话（8）合并数据前言 重要的，还是要知道自己在做什么！ 为什么要合并数据？ 是为了个性化的GWAS分析。plink的指令，只识别“一个”名字的文件（如下图的MY_DATA）。 聪明的你，应该...
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全基因组关联分析（GWAS）实操全基因组关联分析（GWAS）实操 数据及代码来源：GWAS_in_R[https://github.com/whussain2/R-for-Plant-Breeding/tr...
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GWAS分析-说人话（4）打开文件
前言 这是写给小白的，大神请直接路过（点赞就好了～） 获得文件后怎样打开，偷窥一下内容？ 不！要！告！诉！我！双击！文件！！！！！！！ 我现在有这样的一个文件：sclschr...
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GWAS分析-说人话（2）认识文件名前言 认识文件名，这玩意太重要了！行外人看不懂啊！！！！！！ 高逼格的东西自己阅读参考文件了，我只上最粗暴的！～ 尼马的，给我记好了，不然在GWAS分析的路上活不下的！！！ ...
