浅浅的学习历程<br>生信新手，打工人，搬运工。<br>像王子文一样财务自由，才可实现生育自由<br>像李子柒一样把一件事情做到极致，才可实现职业自由
发简信
IP属地：辽宁
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2019.8月中旬开始系统自学生信，<br>自学路漫漫索性报个班。<br><br>生信技能树真的很棒！<br><br>这是我的一个学习笔记平台，点滴记录。
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其实这段代码我一直以来有一个问题：`model_lasso <- glmnet(x, y, family="binomial", nlambda=50, alpha=1)` 这里，为何family要选binomial？来自官方的说明：For binomial logistic regression, the response variable y should be either a factor with two levels, or a two-column matrix of counts or proportions. 在Glmnet官方示例文件中，载入数据的y是一个逻辑向量：`0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 0 `这样的形势；这里对于表达组数据，我觉得family应该选“cox”更合适，这时候的y是一个两列矩阵，time/status，后者是一个binary变量，1代表死亡，0代表正常审查。survival包的`Sruv`方法可以产生这个矩阵。这也应该是我们最常用的类型。
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记录和分享工作、科研上的技能和方法！在此之余，也希望能帮到有同样疑问的小伙伴！<br>微信公共号：YJY技能修炼<br>特别喜欢的一句话: 生如蝼蚁当立鸿鹄之志，命薄似纸应有不屈之心。
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使用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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湿实验伤手，干实验伤脑，干湿结合可能会更好。
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欢迎大家分享自己在完成生信技能树linux作业时的笔记心得 。 生信人的 linux 20题 <http://www.bio-info-trainee.com/2900.html 处理 fastq,fasta,sam,bam,vcf,gff,gtf,bed,MAF等**格式（约定成俗，大牛推广）**的数据 fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html sam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3578.html VCF格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3577.html
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生信技能树，生信菜鸟团，jimmy
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数据收费再分析~
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