2024年诺贝尔化学奖揭晓，一半授予大卫·贝克（David Baker），以表彰他在计算蛋白质设计领域的卓越贡献；另一半则由德米斯·哈萨比斯（Demis Hassabis）和...
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一文看懂AlphaFold2&3输出结果的json文件内容 -
2023-03-22 几个预测蛋白结构、理化性质的在线工具
1.预测理化性质：分子量(Da)、等电点(PI)\不稳定系数(Instability index)、亲水指数(Grand average of hydropathicity-...
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转录组数据分析—DEseq2差异分析转录组测序的目的之一，就是探索组间显著表达变化的基因——差异表达基因。那么，如何基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码RNA分子呢？DESeq2是...
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转录组数据分析前准备——参考基因组准备进行转录组分析前，需准备好参考基因组文件。医学研究中应用最多的就是人类、大鼠、小鼠。本文以这三种为主进行介绍。 参考基因组的下载可以进入ensembl数据库进行 点击画红框位...
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转录组数据分析——原始数据质量控制（QC）获得转录组数据（.fastq文件）后的第一步就是对原始数据的质量控制。 目的 质量控制的目的是全面查看原始数据的质量，内容包括碱基质量评估、GC含量检验、N碱基数量评估、TC...
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2022《Cell》 作物驯化与育种中的整合基因组学导读 野生植物被成功地驯化为农作物是人类文明的大事件。该过程的成功很大程度上要归功于持续的人工选择。本文总结了过去十年在作物驯化和育种研究中的新发现。作物基因组图谱的构建和众...
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群体适应性分析——选择信号●选择信号：生物在自然选择或人工选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的遗传多态性降低、连锁不平衡等选择印记。●选择性清除（selective sweep）：受选择基因座位的...
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ROH、近交系数、亲缘系数、IBD、IBS连续纯合片段（runs of homozygosity, ROH）是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的，基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数，它比传统系谱...
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【可视作图】VMD蛋白质三级结构可视化VMD软件下载 一 个 功 能 同 样 强 大 的 免 费蛋 白 质 三 维结 构可 视 化软 件VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vm...
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任何人！十分钟掌握Circos图绘制
写在写在前面的前面 我不喜欢调用外部程序，如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单的Circos图，perl？不用的。R？不用的。网页？不用的...
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基因组共线用MCScanX导读 下载、安装、使用MCScanX分析NCBI taxonomy上下载的两个梭菌基因组共线性情况。共线性又称同线性，是一个物种的基因组中相互连锁的基因，在另一物种的基因组中...
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泛基因组学习：第一天，了解泛基因组文章转载自 微分基因公众号http://www.sohu.com/a/273345614_100126902 仅供个人学习之用。目前想学习泛基因组的知识，把所看到的的文献记录...
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生物基础知识-CDS、ORF、启动子、终止子、转录因子、UTR刘小泽写于2020.2.8大概回顾一下基础知识 一：ORF与CDS ORF：open reading frame（开放阅读框） 它是理论上的蛋白编码区，一般是先在DNA序列中...
