参考文献： （Reference：Immunophenotyping of COVID-19 and influenza highlights the role of typ...
IP属地：黑龙江
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玩转单细胞(4)：单细胞相关性
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monocle 轨迹图改颜色我们在采用monocle做细胞拟时序分析的时候，常常会不满意于原图的配色，而软件自带的配色是根据降维后分出的cell type进行颜色的分类的 那么我们可以通过 来完成 参考...
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10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。 加载 读取数据（loom, h5ad, csv）, 我的数据是根据velocyto...
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Seurat基因集打分函数AddModuleScore与之前学过的AUCell一样，Seurat里面自带的函数AddModuleScore也可以给细胞打分，我用之前拿的数据，把AUCell换成AddModuleScore玩一下。...
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（视频教程集）ggplot密度图-柱状图示例-legend设置-ggplot作图诸多问题详解这是我们基础内容的一个合集，我们之前说过，合集不会仅仅说一个帖子，而是将众多的问题一并解决。这里我们首先是复现演示了微信群小伙伴提出的单细胞密度图的作图，从这里出发，我们还演...
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单细胞UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改
最近有小伙伴私信我，如下的单细胞UMAP图怎么做？是啥样的图呢？就是UMAP图上其他群是灰色的，只有某个群或者某几个群是标记颜色的，比较突出。其实很简单，一种办法可参考我们之...
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UMAP图上同时展示多个marker基因
最近有小伙伴问道一个问题，如何在一个单细胞UMAP/TSNE图上展示多个marker基因的表达，乍一看挺简单的，后来也是思考了一些时间，慢慢解决了这个问题。 首先，Seura...
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单细胞UMAP降维图的修饰（一些偏僻问题）本来呢，单细胞UMAP或者TSNE降维图正常展示就好了，最多修改颜色坐标就可以，但是奈何总是有文章挑战别人的眼睛，非要秀一波非常规操作，那我们也只能把他们打下神坛。事情的起因...
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单细胞转录组之使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析1. 数据的准备 2.预测细胞通信 在比较多种生物条件下的细胞-细胞通信时，可以得知细胞通信是否增强；细胞类型显著变化之间的相互作用；不同条件下，source和target的...
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复现SCI图表：Cellchat多组结果受配体结果气泡图可视化最近微信群有小伙伴抛出这样一张图，是一个细胞通讯LR气泡图，确切的说应该是Cellchat结果的可视化。我一看这不就是用Cellchat做的嘛。没什么难度，做一下！这个相比于...
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monocle2 exprs报错
1. 发现报错 在进行monocle2发育轨迹的时候，从来么有报错的软件，竟然罢工了，出现了如下报错： 检查报错： 这说明不是monocle2对象的问题，可能是函数的问题？ ...
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SingleR辅助注释单细胞很多做单细胞的研究者都提出过这个问题，是否有直接的功能能对单细胞直接进行注释，而不是繁琐的参看文献，搜索marker，人为对单细胞进行注释。单细胞真的可以实现自动化注释吗？我...
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针对高维数据（10X单细胞空间）的共表达网络分析（hdWGCNA）作者，Evil Genius 人生多艰，且行且珍惜 这一篇我们来分享一个关于单细胞空间数据分析共表达网络的方法----hdWGCNA，文章在hdWGCNA identifie...
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SCPA（三）：具有拟时序特征的通路活性评估
前言 单细胞的拟时序分析是利用算法模拟不同细胞之间的分化趋势，目前已经是一种相对常规化的分析手段。通过拟时序分析，可以模拟不同细胞之间的潜在分化联系，因此可以起到动态预测的作...
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细胞间通讯教程|| cellphonedb 及其可视化细胞配受体通识以及常见细胞分泌信号通路[https://www.jianshu.com/p/df4721d29a91]CellChat：细胞间相互作用分析利器[https:/...
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Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版Compiled: March 18, 2021 来源：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html[...
