最近开始使用RSS服务，为我节省了不少时间，而且可以关注自己喜欢的新闻，博客，作者，网站等，比较私人。心血来潮，想跟大家分享一下，先整理最近使用的这些，因为对美食/教育/健康...
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表观组学：call peak概念和MACS2算法原理，最简明清晰的call peak一文通在诸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我们常常听到一个词Call Peak。Call Peak究竟是什么东西，得到的结果又...
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ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——5.图例图例 默认情况下，热图和简单注释会自动生成图例，生成的图例放在热图的右侧。复杂注释没有图例，但可以手动构建和添加它们。所有图例都是由构造函数Legend()内部构造的 。在后...
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单细胞测序-scRNA-seq数据的预处理与质控前两期scRNA-seq分享讲到了测序的原理、应用以及测序方法，今天就进入了数据分析阶段了。scRNA-seq 与 bulk -RNA-seq 同样是RNA的通量测序数据，在...
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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Seurat::DotPlot绘图美化-facet方法添加X轴注释标签获取Seurat气泡图的绘图数据 创建x轴分类标签注释 将注释添加到data.usage方便绘图调用 根据需求重排y轴绘图标签顺序 重绘气泡图并基于facet分面方法为x轴添...
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【R>>barplot】堆叠柱状图+百分比展示看文献是经常发现有堆叠柱状图+百分比展示的例子，下面就来复现下这样的图形。下图中的C图。 以IMvigor210免疫治疗队列数据为例： 1.输入数据 输入数据rt是两个因子变...
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单细胞文章层出不重，但是数据格式不统一，卡卡在重现大量文章数据的时候发现，有的文章提供的是处理后的单细胞矩阵，而不是原始counts，甚至有的文章提供的数据是scaled...
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R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
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GATK 4.1.9.0 CreateSomaticPanelOfNormals 报错及解决办法使用GATK 4.1.9.0 分析单个个体（具有一个或多个肿瘤样本）体细胞变异Somatic short variant discovery (SNVs + Indels)[...
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理论 | DESeq2 normalized counts -- Median of ratios method在做基因差异表达分析时，经常会用DESeq2这个包，但一直没有深究其分析的统计流程。因此，在这里记录一下DESeq2校正基因表达的方法 -- 比率中值法。 开篇明义，比率中值...
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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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非root用户配置VS Code Remote-SSH - - windows系统（一次比较艰辛的“摸鱼”过程，但成功免密连接远程服务器之后感觉很不错！！！） 1、效果图 先领略一下最终的效果， 可以在 中创建、删除、编辑服务器端的文件，当然也有 的命令行...
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VS Code进行远程R开发还在苦恼服务器版的RStudio只能开启一个session吗？ 还在苦恼服务器端的原始R Console没有代码补全、高亮吗？ ，轻松解决以上问题！ 1、部署Remote-S...
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聊UCSC xena的数据下载问题作者：白介素2 UCSC xena数据存储中心总览 UCSC xena的数据 存储仓库主要包括的数据有以下这些： TCGA hub Pan-Cancer Atlas Hub ...
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featurecounts的使用说明官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
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RIdeogram：染色体数据可视化的R包已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...
