@我的博客：有味 导读 写这篇文档的初衷就是一直想把代谢组学数据写成一个小流程，之前关于非靶向代谢组学写了一个分析总结——非靶向 | 靶向代谢组学数据分析总结-纲要。那么今天...
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代谢组学数据-统计分析及生物靶标挖掘 -
ChIP超详细实验步骤
ChIP的一般流程： 甲醛处理细胞—收集细胞，超声破碎—加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合—加入ProteinA，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀—对沉...
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这里是佳奥<br><br>有疑问欢迎email或yuque平台<br><br>专注多组学挖掘基因，以及非模式植物的下游注释以及可视化工作
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day44 转录组软件安装 北鲲云
经历了一周的时间在学校服务器上痛苦的安装各种软件，各种软件冲突，各种报错，各种conda连接问题，换源，没有GLIBC2.14问题，LC_ALL问题，UCS4问题，重装Ana...
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植物育种研究的一些综述或博客
未来作物改良的五大策略（作物野生近缘种、泛基因组、机器学习、基因组选择和基因编辑） (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/s/_932QO0WB...
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表观遗传学忠实粉，不定时更新科普文献，欢迎关注一起交流～
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RNASEQ（二）: PCA主成分分析对RNAsq的read count数据进行PCA分析 目的：PCA分析可以得到样本之间的相关性和离散程度。 内容：1 . 基因表达量数据进行标准化，用tpm和fpkm两种方法...
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3.基于转录组和代谢组分析研究粉花草莓花瓣中花青涩素的代谢Abstract 粉红花草莓是一种新的观赏花卉，具有花色鲜艳、花期长、果实可食等特点，是一种很有发展前途的属间杂交（Fragaria×Potentilla）花卉。它的花色从浅...
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R读取蛋白fasta文件，提取基因名
#BiocManager::install("Biostrings",force = TRUE) library(Biostrings) library(plyr) fast...
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【代谢组学】3.数据分析非靶向代谢组实验设计 1.代谢物提取，一般要求每组至少10个样；2.在所有提取好的样本中取等量混合作为QC；3.QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每...
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RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichp...
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组学技术—— CUT&Tag蛋白质与DNA之间的相互作用具有十分重要的生物学意义，例如：转录因子与基因组DNA的相互作用对于基因的表达具有调控作用；基因组不同位置的不同类型的组蛋白往往会与基因的表达活性...
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RNA的m6A修饰在基因表达调控中的功能（m6A专题）m6A修饰几乎涉及RNA代谢的所有方面，含m6A基因的转录组分析也揭示了最相关的功能途径与RNA代谢有关。基于甲基转移酶和去甲基酶的定位，m6A可以在核或细胞质中被引入或去除...
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一篇m6A综述阅读笔记
title: 文献笔记-Where, When, and How Context-Dependent Functions of RNA Methylation Writers...
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SVfinder找染色体结构变异染色体结构变异(sv)包括缺失、重复、倒位、易位、插入等。 SVfinder主要是基于Python开发的，能对全基因组测序分析出SV结果。 SVfinder下载地址：http...
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使用vcftools对变异文件进行群体分析Tajima D 这个是选择相关的一个参数，大于0代表群体观测杂合度高于预期杂合度，稀有等位基因频率降低（群体收缩或者平衡选择），小于0说明群体观测杂合位点少于预期值，稀有等...
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count转TPM
https://cloud.tencent.com/developer/article/1906294 ####################定义基因长度为 非冗余exon...
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day27 ChIP-seq 对peak进行注释R语言ChIPseeker包学习linux常用命令，并且实战ChIP-seq已经一个月了。现在需要用R包ChIPseeker进行注释，发现R已经忘了大半。补课R语言。。对peak的注释分为两个部分——结...
