1.背景知识 在一篇文章里看到了微卫星不稳定性（Microsatellite Instability，MSI）与riskscore的关系图，就去查了一下，很好的背景知识资料：...
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TCGA的微卫星不稳定性数据获取和可视化 -
seurat-NormalizeData()源码解析年底复盘，发现很多知识点理解并不深入，想对这些不清晰的知识点重新梳理一下。 一、NormalizeData()归一化 考虑到文库测序深度的影响，我们需要对单细胞counts矩...
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patchwork：R里面一个挺厉害的拼图函数
官方网址：The Composer of Plots • patchwork (data-imaginist.com)[https://patchwork.data-imag...
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细胞间通讯教程|| cellphonedb 及其可视化细胞配受体通识以及常见细胞分泌信号通路[https://www.jianshu.com/p/df4721d29a91]CellChat：细胞间相互作用分析利器[https:/...
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Stringtie的使用说明
参考文献：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads帮助文...
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DoRothEA：scRNAseq转录因子活性预测工具在看文献Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
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typora-让你爱上Markdown，从此无法自拔typora-让你爱上Markdown，从此无法自拔下载地址 for Windows[https://www.typora.io/#windows]其他系统可进typora官...
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奇异值分解(SVD) --- 线性变换几何意义PS：一直以来对SVD分解似懂非懂，此文为译文，原文以细致的分析+大量的可视化图形演示了SVD的几何意义。能在有限的篇幅把这个问题讲解的如此清晰，实属不易。原文举了一个简单的...
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msigdbr 包提供多个物种的MSigDB数据
富集分析是一种大家常用分析方法；msigdb数据库中有定义好的基因集，但其中绝大多数数据都是人类的；老鼠和其它物种的基因集有的，但是比较少，无法满足大众的需求。msigdbr...
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GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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损失函数softmax_cross_entropy、binary_cross_entropy、sigmoid_cross_entropy之间的区别与联系cross_entropy-----交叉熵是深度学习中常用的一个概念，一般用来求目标与预测值之间的差距。 在介绍softmax_cross_entropy，binary_cr...
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网络-R语言进行网络分析的基础包 igraph#igraph 包介绍 igraph是一个用于网络分析的库和R包。 ##igraph的作用 igraph库的主要目标是提供一组数据类型和功能，以实现以下目的：1）轻松实现图形...
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中心化、标准化、归一化？
中心化、标准化、归一化 图.左边是原始数据的分布情况、中间是经过中心化的分布情况、右边是经过标准化后的情况。图片来自知乎 说明：本文纯属胡说，没有加入严谨的数学推导，如有问题...
